Tại phiên phúc thẩm, cả Dương Chí Dũng và cựu Tổng GĐ Mai Văn Phúc đều thống nhất kêu oan về tội danh “tham ô tài sản” bị quy buộc. Mai Văn Phúc còn phản đối cả tội “cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” - tội danh mà Phúc và Dũng cùng phải nhận 18 năm tù giam.
Tuy nhiên, Tòa không chấp nhận kháng cáo của Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc, HĐXX đã tuyên phạt 2 bị cáo tử hình về tội tham ô tài sản, tiếp tục giam 2 bị cáo.
Trần Hữu Chiều 10 năm tù tội tham ô tài sản, Trần Hải Sơn 14 năm tù về tội tham ô tài sản.
Về trách nhiệm liên quan của Cục Đăng kiểm Việt Nam, Tòa cho rằng, việc xác định ụ nổi không phải là tàu biển, không đề cập yêu cầu đảm bảo về tuổi của ụ nổi khi nhập khẩu là không đúng quy định pháp luật. Tòa đề nghị cơ quan điều tra tiếp tục điều tra xem xét trách nhiệm của đơn vị này.
Về kê biên tài sản và giảm mức bồi thường, Tòa cho rằng, có căn cứ giảm mức bồi thường với các bị cáo hải quan để tương ứng với việc giảm mức án cho các bị cáo, vì đánh giá mức độ thiệt hại của ụ nổi đã giảm 8 tỷ đồng.
Về tài sản kê biên, tòa xác định căn nhà của vợ chồng Dương Chí Dũng - Phạm Thị Mai Phương là tài sản chung vợ chồng. Việc không khấu trừ giá trị 1/2 căn nhà này cho bà Phương và khấu trừ 1/8 căn hộ tại Sky City của chị P.T.T là sai sót. Tòa cho rằng, cần khấu trừ khoản tiền này để đảm bảo quyền lợi của người liên quan khi kê biên, thanh lý các tài sản.
Tòa bác quan điểm của Dương Chí Dũng và vợ cho rằng, tiền mua 2 căn hộ hạng sang cho chị P.T.T là của bà Phạm Thị Mai Phương đưa cho cựu Chủ tịch Vinalines.
Tòa cũng không chấp nhận kháng cáo đề nghị hủy kê biên căn nhà ở Quảng Ninh của vợ Mai Văn Phúc.