Theo đơn khởi kiện, năm 1995, Công ty được UBND TP Hà Nội cho thuê 5.004 m2 đất tại phường Láng Thượng – quận Đống Đa để xây dựng khách sạn, văn phòng làm việc. Thời hạn sử dụng đất là 20 năm. Công ty đã ký hợp đồng thuê đất số 04, giá tạm tính là 5% giá đất theo khung giá do UBND thành phố quy định (95.000 đồng/m2/năm).
Nguyên tắc điều chỉnh là tiền thuê đất thay đổi khi Nhà nước và UBND thành phố có quyết định thay đổi khung giá đất trên địa bàn Hà Nội.
Năm 2006, UBND TP Hà Nội thu hồi 1.911 m2 đất. Công ty được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với diện tích còn lại là 3.093 m2.
Sở Tài nguyên và Môi trường và Công ty ký hợp đồng thuê đất số 27 với giá thuê là 106.575 đồng/m2/năm. Hai bên thỏa thuận và thống nhất áp dụng tỷ lệ % để tính đơn giá thuê đất cố định là 0,7% nhưng vẫn giữ nguyên tắc điều chỉnh giá thuê đất theo hợp đồng cũ.
Công ty đã nộp tiền thuê đất từ năm 2006-2011 với mức 326,9 triệu đồng/năm. Đến năm 2011, sau khi hết 5 năm chu kỳ nộp tiền lần đầu, Cục thuế và Sở Tài chính, Chi cục thuế quận Đống Đa đã tính lại giá thuê đất mới.
Giá thuê đất tăng đột biến
Theo đó, ngày 30/9/2011, Chi cục thuế quận Đống Đa ban hành 2 thông báo tạm thu tiền thuê đất kỳ 2 năm 2011 là 839 triệu đồng. Ngày 22/10/2013, Sở Tài chính TP Hà Nội có quyết định số 5705 phê duyệt đơn giá đất và đơn giá thuê đất cho công ty tăng gấp hơn 12 lần so với đơn giá thuê tại hợp đồng.
Thời điểm này, Chính phủ có Nghị quyết số 02/NQ-CP ngày 7/1/2013 về một số giải pháp tháo gỡ khó khăn cho sản xuất kinh doanh, hỗ trợ thị trường, giải quyết nợ xấu. Bảo Sơn có công văn đề nghị giảm tiền thuê đất cho Công ty các năm 2012,2013,2014.
Ngày 9/12/2013, Chi cục thuế quận Đống Đa tổ chức họp với doanh nghiệp để kiểm tra việc chấp hành nghĩa vụ thu nộp tiền thuê đất, căn cứ vào Quyết định 5705 áp giá cho Bảo Sơn, chỉ điều chỉnh lại tỷ lệ tính phần trăm đơn giá thuê đất là 2% và 1,4%. Cụ thể, điều chỉnh tiền thuê đất năm 2011 lên 3,5 tỷ đồng; năm 2012 là 4,5 tỷ đồng và năm 2013 là 4,4 tỷ đồng. Mặc dù không đồng ý với mức giá trên nhưng để hoàn thiện thủ tục xin miễn giảm tiền thuê đất, Công ty ký vào biên bản làm việc trên.
Cục thuế Hà Nội đã thẩm định, báo cáo và được UBND TP Hà Nội chấp thuận giảm tiền thuê đất các năm 2011,2012,2013 cho Bảo Sơn số tiền 11,4 tỷ đồng. Trên cơ sở này, ngày 9/6/2014, Cục thuế ra quyết định về việc giảm tiền thuê đất cho Bảo Sơn.
Ngày 10/4/2015, Công ty đề nghị xác định lại đơn giá thuê đất cho năm 2015-2018. Cùng ngày, Cục thuế TP Hà Nội đã chủ trì cùng liên ngành thành phố và Tập đoàn Bảo Sơn họp để điều chỉnh lại giá thuê đất là 906.408 đồng/m2/năm.
Công ty đã có công văn kiến nghị không đồng ý giá trên vì cho rằng giá trên cao hơn so với đơn giá thuê đất năm 2010 của kỳ gần nhất là 8,57 lần. Nếu áp dụng đơn giá trên sẽ đẩy doanh nghiệp vào tình thế khó khăn và buộc phải trả lại đất.
Công ty cho rằng, Cục thuế không giải quyết kiến nghị của công ty, đồng thời ngày 20/10/2015 đã ban hành Thông báo số 68117 điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từ năm 2015-2018. Hai ngày sau khi ra thông báo trên, Cục thuế mới có công văn trả lời kiến nghị là không có cơ sở để xem xét giải quyết.
Theo Công ty, Thông báo số 68117 được lập không đúng trình tự thủ tục ban hành, căn cứ pháp lý không đúng quy định. Do đó, Công ty khởi kiện ra tòa án, đề nghị hủy thông báo số này, buộc Cục thuế hoàn trả cho công ty số tiền thu thuế tăng thêm cho năm 2011 và 2015 là 5,6 tỷ đồng, buộc Cục thuế phải bồi thường số tiền 1,6 tỷ đồng, đồng thời kiến nghị Cục thuế phải xác định lại tiền thuê đất.
Tại tòa, Công ty rút yêu cầu bồi thường 1,6 tỷ đồng và điều chỉnh nội dung khởi kiện là đề nghị Cục thuế đối trừ nghĩa vụ mà công ty phải nộp.
Công ty cho rằng, Cục thuế không giải quyết khiếu nại của doanh nghiệp là vi phạm trình tự thủ tục điều chỉnh đơn giá, làm mất quyền kiến nghị, khiếu nại của doanh nghiệp.
Mặt khác, về nội dung, Cục thuế căn cứ khoản 1, Điều 8 Thông tư 77/2014-TT-BTC là không phù hợp. Công ty thuộc trường hợp điều chỉnh đơn giá thuê đất tại khoản 2, Điều 8, Thông tư 77.
Theo đó, Cục thuế phải báo UBND TP Hà Nội điều chỉnh đơn giá thuê đất tương ứng với mỗi chu kỳ điều chỉnh ổn định tiếp theo không tăng quá 15% chu kỳ trước.
