Theo cáo trạng, các khu đất số 2, số 7-9, số 9-11 đường Tôn Đức Thắng, phường Bến Nghé, quận 1, TP.HCM có nguồn gốc là đất quốc phòng, thuộc quyền quản lý của Quân chủng Hải Quân. Khi thực hiện chủ trương hợp tác kinh doanh với các doanh nghiệp trên 3 khu đất trên, các bị can đã không làm đúng quy định về quản lý đất đai.
Các bị can để Công ty Hải Thành thực hiện thủ tục chuyển quyền sử dụng mục đích đất, tham gia góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất, thành lập liên doanh khi chưa được Thủ tướng Chính phủ đồng ý điều chỉnh quy hoạch đất quốc phòng, không lập dự án đầu tư, phương án sản xuất kinh doanh báo cáo Bộ Quốc phòng phê duyệt.
Hậu quả làm Quân chủng Hải Quân mất quyền quản lý, sử dụng 3 khu đất trên trong thời hạn 49 năm, gây thất thoát ngân sách số tiền 939,2 tỷ đồng.
Đặc biệt, khu đất số 7-9, bị can Đinh Ngọc Hệ chỉ đạo Vũ Thị Hoan (Giám đốc Công ty Yên Khánh) thế chấp vào Vietbank vay 52 tỷ đồng để mua 2 căn nhà ở quận 2, TP.HCM, mua cổ phần tại CTCP Tân Cảng Hiệp Phước. Khoản vay trên được giải chấp, Hệ tiếp tục chỉ đạo Hoan thế chấp khu đất vay vốn BIDV cho các công ty của mình.
Để đảm bảo tài sản khắc phục hậu quả, cơ quan điều tra đã yêu cầu UBND, Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM không làm thủ tục phát mại tài sản, mua bán, chuyển nhượng, tặng, cho các khu đất trên và 2 căn nhà ở quận 2, TP.HCM.
Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 1 (Cienco1) không được phép chuyển nhượng số cổ phần của Công ty Yên Khánh. CTCP Tân Cảng Hiệp Phước không được chuyển nhượng 2.198.000 cổ phần, trị giá 21,98 tỷ đồng của Công ty Yên Khánh.
CTCP Tập đoàn Bia Sài Gòn Bình Tây không chuyển dịch, chuyển nhượng, mua bán 570.000 cổ phần của Vũ Thị Hoan.
Cơ quan điều tra cũng phong tỏa số tiền trong tài khoản của các công ty mở tại ngân hàng tổng số tiền là 1,5 tỷ đồng. Gồm Công ty Yên Khánh 149 triệu đồng, CTCP Tập đoàn Đức Bình 5,2 triệu đồng; CTCP BOT Cầu Việt Trì 743 triệu đồng, Công ty TNHH BOT và BT Quốc lộ 20 số tiền 331 triệu đồng, CTCP Xăng dầu Thái Sơn BQP 366 triệu đồng.
Viện kiểm sát quân sự trung ương yêu cầu Công ty Yên Khánh, Công ty TNHH BOT và BT Quốc lộ 20 giữ nguyên, không chuyển nhượng, mua bán, tặng cho toàn bộ phần vốn góp của Công ty Yên Khánh tại Công ty TNHH BOT và BT Quốc lộ 20, trong đó có số tiền 123,3 tỷ đồng.
Vào giữa tháng 3 vừa qua, Viện Kiểm sát quân sự trung ương đã hoàn tất cáo trạng truy tố cựu thứ trưởng Bộ Quốc phòng Nguyễn Văn Hiến và 7 bị can liên quan đến vụ sai phạm đất đai xảy ra tại 3 khu đất trên đường Tôn Đức Thắng, P.Bến Nghé, Q.1 (TP.HCM).
Cơ quan tố tụng cho rằng, các cá nhân thuộc Công ty Yên Khánh và các công ty nhận bảo lãnh thế chấp khu đất số 7-9 đều là những người được Đinh Ngọc Hệ nhờ đứng tên đại diện pháp luật hoặc cổ đông. Họ không biết nguồn gốc khu đất và các vấn đề pháp lý, không biết Công ty Yên Khánh giả mạo hợp đồng thế chấp nên không có dấu hiệu hình sự.
Khi nhận thế chấp, BIDV chi nhánh Thành Đô cũng không phát hiện các đối tượng gian dối, ký giả chữ ký của Trần Trọng Tuấn trong các biên bản họp HĐQT, HĐTV, không biết nguồn gốc và sai phạm liên quan đến khu đất.
Hiện BIDV đã giao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho cơ quan điều tra, phối hợp bàn giao cho Công ty Hải Thành quản lý. Cơ quan điều tra không phát hiện động cơ vụ lợi trong việc ký hợp đồng tín dụng này.
Về trách nhiệm dân sự, quá trình điều tra xác định, Công ty Hải Thành góp vốn liên doanh nhưng chưa nộp tiền sử dụng đất về cho Quân chủng Hải Quân số tiền 939,2 tỷ đồng. Tại thời điểm góp vốn, Công ty Hải Thành không có tiền nộp nên đã gây thất thoát số tiền này. Công ty Hải Thành, Quân chủng Hải Quân phải có trách nhiện nộp lại số tiền trên cộng với lãi suất tối thiểu.
Tại khu đất số 7-9, các bị can không căn cứ vào giá đất do UBND TP.HCM quy định, dẫn đến việc hợp tác, góp vốn với giá thấp, gây thiệt hại số tiền 20,3 tỷ đồng. Các bị can Nguyễn Văn Hiến (SN 1954, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng), Bùi Như Thiềm (SN 1959, cựu Trưởng phòng kinh tế), Bùi Văn Nga (SN 1956, nguyên Giám đốc Công ty TNHH MTV Dịch vụ và Du lịch biển đảo Hải Thành), Đoàn Mạnh Thảo (SN 1957, nguyên Trưởng phòng Tài chính) có trách nhiệm liên đới bồi thường số tiền trên.
Số tiền các liên doanh (gồm Công ty Mai Thành, Công ty Cảnh Hưng Hải Thành, Công ty Yên Khánh Hải Thành) chuyển về Công ty Hải Thành hơn 60 tỷ đồng là số tiền thu lợi bất chính, cần xử lý theo quy định của pháp luật.
Còn các công ty được bảo lãnh thế chấp bằng quyền sử dụng đất số 7-9 đang tiến hành các thủ tục thay thế tài sản đảm bảo khác. Cơ quan điều tra xác định đây là giao dịch dân sự giữa các công ty với ngân hàng.