Theo hồ sơ vụ án, năm 2010, Tổng CTCP Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) góp vốn đầu tư vào 46 công ty, bao gồm 11 công ty con, 11 công ty liên kết và 24 công ty đầu tư tài chính, với tổng giá trị đầu tư là 3.147,92 tỷ đồng, trong khi vốn điều lệ là 2.500 tỷ đồng. Năm 2011, PVC góp vốn đầu tư (cũ và mới) vào 43 đơn vị, bao gồm 13 công ty con, 12 công ty liên kết và 18 công ty đầu tư tài chính khác, với tổng giá trị đầu tư là 3.460,94 tỷ đồng/2.500 tỷ đồng vốn điều lệ.
Việc tổng mức đầu tư tài chính vượt gần 1.000 tỷ đồng so với vốn điều lệ đã khiến PVC bị mất cân đối dòng tiền nghiêm trọng. Do đó, từ năm 2011, PVC đã phải trích lập dự phòng tài chính cho các khoản đầu tư này.
Cơ quan điều tra xác định, mặc dù đến ngày 11/10/2011, PVC mới chính thức là nhà thầu có tư cách pháp lý để thực hiện hợp đồng tổng thầu EPC Dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2, nhưng từ 28/4/2011 đến 12/7/2011, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) đã làm các thủ tục chi tạm ứng cho PVC số tiền 6,6 triệu USD và 1.312 tỷ đồng.
Lời khai của bị cáo Phạm Tiến Đạt (nguyên Trưởng Ban Tài chính-Kế toán PVC) thể hiện, ngày 6/5/2011, bị cáo lập báo cáo về tình hình tài chính của PVC gửi HĐQT, Ban Tổng giám đốc, trong đó nêu rõ thực trạng PVC đã đầu tư vượt nguồn vốn chủ sở hữu 1.013 tỷ đồng và không còn nguồn tiền để hoạt động.
Sau khi được PVN và Ban quản lý dự án tạm ứng, thực hiện chủ trương đã thống nhất từ trước, Trịnh Xuân Thanh (nguyên Chủ tịch HĐQT PVC), Vũ Đức Thuận (nguyên Tổng giám đốc PVC) đã chỉ đạo bị cáo Đạt sử dụng 1.115 tỷ đồng từ nguồn tiền này để đầu tư, góp vốn vào các công ty, dự án, công trình khác và trả nợ ngân hàng.
Cụ thể, PVC đã sử dụng 196,2 tỷ đồng để thanh toán cho các nhà thầu phụ thi công một số hạng mục của dự án, trả nợ 4 ngân hàng số tiền 763 tỷ đồng. PVC đã chuyển tiền tạm ứng 10 tỷ đồng cho CTCP Thiết bị nội ngoại thất dầu khí (PVC Metal); sử dụng 110 tỷ đồng đầu tư, góp vốn vào CTCP Xây lắp Nghệ An (PVNC), CTCP Phát triển dầu khí Việt Nam (PVC Land), CTCP Phát triển đầu tư đô thị dầu khí (PVC Mekong). Số tiền còn lại PVC đầu tư vào các dự án khác.
Liên quan đến việc góp vốn, PVC có báo cáo giải trình với cơ quan tố tụng. Cụ thể, tính đến 31/12/2013, tổng giá trị thực tế PVC góp vốn vào 3 đơn vị PVC Mekong, PVC Land và PVNC là 412,3 tỷ đồng.
Trong đó, giá trị đầu tư thực tế vào PVC Mekong là 153 tỷ đồng, giá trị đầu tư theo mệnh giá 150 tỷ đồng, tương đương 15 triệu cổ phần, chiếm 53% vốn điều lệ PVC Mekong; PVC Land là 203 tỷ đồng, giá trị đầu tư theo mệnh giá là 190,6 tỷ đồng, tương đương 19 triệu cổ phần, chiếm 76% vốn điều lệ PVC Land; PVNC là 55 tỷ đồng, giá trị đầu tư theo mệnh giá là 50 tỷ đồng, tương đương 5 triệu cổ phần, chiếm 23% vốn điều lệ PVNC.
Tại thời điểm 31/12/2017, giá trị thực tế PVC góp vốn vào 3 đơn vị trên là 411,7 tỷ đồng. Theo PVC, việc triển khai đề án tái cơ cấu PVC đã được PVN thông qua.
Theo đó, PVC Mekong, PVCLand và PVNC thuộc các đơn vị PVC sẽ thực hiện thoái vốn. Tuy nhiên, hiện tại, PVC chưa hoàn thành việc thoái vốn tại các đơn vị trên và các đơn vị này vẫn đang hoạt động theo Luật Doanh nghiệp, nên PVC chưa có cơ sở đánh giá được hiệu quả của khoản đầu tư.
Liên quan đến thực trạng triển khai Dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2, PVC báo cáo, tiến độ tổng thể đạt 81,25%; trong đó thiết kế đạt 99,51%; ký các hợp đồng mua sắm đạt 91,5%; gia công, chế tạo và vận chuyển đạt 93,23%; thi công đạt 74,22%. Tiến độ dự kiến hoàn thành vận hành thương mại Tổ máy 1 là tháng 6/2019; Tổ máy 2 đến tháng 9/2019. So với tiến độ được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 428/QĐ-TTg ngày 18/3/2016, thì việc triển khai dự án chậm 18 tháng.
Tại phần tranh luận, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân cho biết, cơ quan an ninh điều tra tiếp tục làm rõ số tiền 1.115 tỷ đồng sử dụng không đúng mục đích để xác định hậu quả (nếu có). Hành vi sử dụng tiền tạm ứng của bị cáo Trịnh Xuân Thanh là trái với quy định tại Khoản 2, Điều 31-Nghị định số 09/2009/NĐ-CP ngày 5/2/2009 của Chính phủ ban hành Quy chế quản lý tài chính của công ty nhà nước và quản lý vốn nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác và tại Khoản 6, Điều 17-Nghị định số 48/2010/NĐ-CP ngày 7/5/2010 của Chính phủ quy định về hợp đồng trong hoạt động xây dựng.