Theo Quyết định số 29/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, nguồn kinh phí giao tự chủ cho UBCK gồm ngân sách nhà nước cấp, các nguồn thu do UBCK trực tiếp thu (thu lệ phí cấp phép, thu giám sát TTCK, phí quản lý công ty đại chúng) và các nguồn kinh phí hợp pháp khác.
Cũng theo quyết định trên, UBCK được tự chủ trong tuyển biên chế theo chỉ tiêu của Bộ trưởng Bộ Tài chính giao. Ngoài chỉ tiêu biên chế được giao, UBCK còn được hợp đồng thuê khoán công việc và hợp động lao động.
Quyết định 29 ghi rõ, việc thực hiện chế độ tự chủ về biên chế và kinh phí hoạt động của UBCK phải đảm bảo các mục tiêu, yêu cầu như: tăng cường công tác quản lý, giám sát TTCK; bảo đảm sự hoạt động an toàn và hiệu quả của TTCK; thúc đẩy việc sắp xếp, tổ chức bộ máy, xây dựng đội ngũ cán bộ chuyên nghiệp...
Năm 2009, nguồn kinh phí ngân sách nhà nước cấp cho UBCK bảo đảm không thấp hơn năm 2008. Từ năm 2010 trở đi, nguồn kinh phí được cấp trên cơ sở mức giao năm trước và mức tăng chi hàng năm theo quy định. Ngoài ra, UBCK cũng được chủ động xây dựng định mức, chế độ chi tiêu cho phù hợp với hoạt động đặc thù trên cơ sở vận dụng tiêu chuẩn, định mức, chế độ Nhà nước quy định và trong phạm vi nguồn kinh phí được giao.
