Trong quá trình xét xử, nhận thấy lời khai tại tòa còn có nhiều mâu thuẫn, tài liệu điều tra chưa rõ, HĐXX quyết định trả hồ sơ, điều tra bổ sung.
Theo tài liệu vụ án, năm 1996, Trương Thị Yến (tức Trương Thị Hải Yến) cùng vợ chồng anh trai là Trương Ngọc Lân, Trần Thị Lan Oanh (trú tại Cộng hòa Séc) và em rể Nguyễn Viết Tài góp vốn thành lập Trường tiểu học dân lập Phương Nam. Yến đảm nhiệm vị trí Phó hiệu trưởng điều hành. Trường có trụ sở tại 174A tổ 14 phường Phương Liệt, Thanh Xuân, Hà Nội.
Năm 1998, Yến hợp tác với Hội Tâm lý học Hà Nội mở rộng quy mô Trường, có đủ các bậc tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông. Yến chỉ đạo điều hành mọi hoạt động chuyên môn và tài chính.
Đến tháng 1/2011, ông Cấn Hữu Hải, trú tại Từ Liêm, Hà Nội góp vốn 1,5 tỷ đồng và tham gia HĐQT Trường. Tháng 7/2011, UBND TP. Hà Nội ban hành quyết định cho Trường Phương Nam được sử dụng hơn 16.000 m2 đất tại lô 18 Khu đô thị mới Định Công (Hà Nội) để thực hiện dự án đầu tư xây dựng trường học. Thực tế, Trường đã hoàn thành việc xây dựng các hạng mục từ năm 2003.
Quá trình điều hành các hoạt động của Trường Phương Nam, Yến đã dùng danh nghĩa trường huy động vốn vay nợ rất nhiều tiền, tài sản của các cá nhân tổ chức; trong đó, có anh Bùi Thanh Sơn (sinh năm 1977, trú tại Đống Đa, Hà Nội). Anh Sơn cho Yến vay hơn 20 tỷ đồng lãi suất 10 - 15%//tháng. Đến ngày 17/10/2010, hai bên chốt nợ cả gốc và lãi là 128,9 tỷ đồng.
Không có khả năng trả nợ, Yến nói với anh Sơn là đang có nhu cầu bán cổ phần của Công ty Thành Sơn, nếu anh Sơn muốn mua, Yến sẽ trả bằng với số tiền nợ. Anh Sơn đã giới thiệu anh Bùi Hoàng Linh (là em họ anh Sơn) đến gặp Yến, Thành, Dung để bàn bạc. Anh Linh được Yến, Thành, Dung khẳng định Trường PTTH Phương Nam, Công ty Thành Sơn, Công ty Việt Anh và Trường mầm non Bình Minh là một, nếu muốn mua Trường Phương Nam, Trường Bình Minh thì phải mua cả hai công ty.
Khi đàm phán việc bán cổ phần cho gia đình anh Linh, Yến cung cấp các tài liệu pháp lý như hợp đồng liên kết, biên bản họp, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh…
Do tin vào các tài liệu này, gia đình anh Linh đã đồng ý mua 51% cổ phần Công ty Thành Sơn, 51% Công ty Việt Anh. Tháng 7/2010, hai bên đã ký hợp đồng chuyển nhượng 51% cổ phần của Công ty Thành Sơn với giá trị 153 tỷ đồng.
Sau đó Yến, Dung, Thành ký bản thỏa thuận chuyển nhượng khẳng định Trường Phương Nam là tài sản của Công ty Thành Sơn, Trường Bình Minh là tài sản của Công ty Việt Anh, 7 héc-ta đất dự án tại Khai Sơn, Bắc Ninh là tài sản của Công ty Thành Sơn.
Từ đó, anh Linh ký tiếp hợp đồng mua 51% cổ phần Công ty Việt Anh với giá 76,5 tỷ đồng, rồi chuyển tổng cộng 229,5 tỷ đồng cho nhóm Yến, Thanh, Dung. Trừ đi khoản nợ của anh Bùi Thanh Sơn là 128,5 tỷ đồng, nhóm này đã nhận 100,5 tỷ đồng.
Số tiền thu được từ giao dịch này, Yến dùng để trả nợ nhiều người còn lại 75 tỷ đồng, Yến sử dụng chi tiêu riêng không hoàn trả lại được. Sau khi thanh toán số tiền mua cổ phần, anh Linh nhiều lần yêu cầu Dung, Yến, Thành hoàn tất các thủ tục pháp lý nhưng Yến, Dung, Thành không thực hiện.
Trên thực tế, với mục đích chiếm đoạt tiền của anh Linh nên tháng 5/2011, Yến làm thủ tục thay đổi đăng ký kinh doanh của Công ty Thanh Sơn lần thứ 2 tăng vốn điều lệ lên 469 tỷ đồng các thành viên gồm Yến, Dung, Thành; Thành là người đại diện theo pháp luật, sau đó thay đổi Yến là đại diện theo pháp luật.
Đối với Công ty Việt Anh, Dung làm thủ tục thay đổi đăng ký kinh doanh, tăng vốn lên 135 tỷ đồng cũng gồm 3 thành viên như trên, Dung làm đại diện theo pháp luật. Sau đó, Công ty Việt Anh lại nâng vốn tiếp lên 356 tỷ đồng, Yến làm đại diện theo pháp luật.
Như vậy, Công ty thay đổi đăng ký kinh doanh nhiều lần, nhưng anh Bùi Hoàng Linh không có tên trong sổ đăng ký thành viên. Khi biết mình bị lừa, anh Linh làm đơn tố cáo.
Kết quả điều tra xác định đến tháng 11/2012, cơ quan đăng ký kinh doanh chưa nhận được hồ sơ về việc sáp nhập Công ty Thành Sơn, Công ty Việt Anh, Công ty TNHH Phương Nam, Trường Bình Minh…
Được biết, cơ quan điều tra đã trưng cầu thẩm định giá đối với hai trường học nói trên. Trường Phổ thông trung học Phương Nam được xác định giá trị là 93,5 tỷ đồng, Trường mầm non tư thục Bình Minh là 37,1 tỷ đồng.
Với hành vi này, Trương Thị Yến và em gái Trương Thị Kim Dung, con trai Mai Thành Huy đã bị truy tố tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản khung hình phạt 12 - 20 năm hoặc chung thân.
Trong quá trình xét xử, nhận thấy lời khai tại tòa còn có nhiều mâu thuẫn, tài liệu tố tụng vẫn chưa xác định rõ cổ phần của bị cáo Trương Thị Yến nên HĐXX quyết định trả hồ sơ, điều tra bổ sung.