UBND TP.HCM tiếp tục kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải ưu tiên bố trí vốn đầu tư dự án nâng cao đoạn đường sắt quốc gia Bình Triệu - Hòa Hưng (ga Sài Gòn, quận 3). Việc này nhằm bỏ các giao cắt giữa đường sắt và đường bộ trong nội đô, tránh kẹt xe, trong tương lai còn phát triển đường sắt đô thị kết nối các tuyến metro.
Đoạn đường sắt được đề xuất dài 9,5 km, giao cắt với đường bộ tại 14 điểm nên thường gây ra ùn tắc giao thông mỗi khi tàu chạy, nhất là giờ cao điểm. Đây cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến các vụ tai nạn.
Từ mười năm trước, để giải quyết bài toàn ùn ứ giao thông do tuyến đường sắt Bắc - Nam đi vào ga Sài Gòn, UBND TP.HCM kiến nghị dời ga này và ga Bình Triệu (quận Thủ Đức) về ga Dĩ An (tỉnh Bình Dương). Tuy nhiên, Bộ Giao thông Vận tải đề nghị giữ nguyên hiện trạng, thay vào đó sẽ xây đường sắt trên cao.
Theo Bộ, ga Sài Gòn là ga trung tâm đường sắt liên tỉnh và đường sắt nội - ngoại ô, nếu di dời gặp nhiều khó khăn vì vị trí ga mới không đáp ứng các tiêu chí cơ bản của ga trung tâm đô thị.
Mặt khác, ga mới theo kiến nghị của thành phố lại nằm trên đất Bình Dương - nơi chưa được xác định quy hoạch phát triển giao thông. Việc di dời cũng đòi hỏi nguồn kinh phí rất lớn.
Đến ngày 8/4/2013, Thủ tướng phê duyệt điều chỉnh quy hoạch phát triển giao thông vận tải TP.HCM đến năm 2020 và tầm nhìn đến sau năm 2020. Trong đó, ga Sài Gòn vẫn ở vị trí cũ nhưng cải tạo, nâng cấp tuyến đường sắt Bắc - Nam đoạn Trảng Bom - Hòa Hưng (ga Sài Gòn), riêng đoạn từ ga Bình Triệu đến ga Hòa Hưng sẽ thành đường sắt trên cao.
Chính quyền thành phố đã nhiều lần kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải sớm triển khai theo quy hoạch nhưng 5 năm qua dự án đường sắt trên cao vào ga Hòa Hưng vẫn chưa được thực hiện.
