Sau khi điều tra bổ sung, cáo trạng lần hai (ngày 27/1/2014, thay thế bản cáo trạng ngày 12/12/2013) đã đưa ra một số điểm mới.
Thứ nhất, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã truy tố thêm 2 bị can mà trước đó đã bị đình chỉ điều tra, đó là ông Phạm Trung Cang, nguyên Phó chủ tịch HĐQT ACB (sinh năm 1954, trú tại quận 3, TP.HCM) và Huỳnh Quang Tuấn, nguyên thành viên HĐQT ACB (sinh năm 1958, trú tại Đống Đa, Hà Nội).
Cáo trạng lần hai nêu rõ, bị can Phạm Trung Cang, với tư cách là Phó chủ tịch HĐQT ACB và có nhiều năm làm công tác quản trị, điều hành hoạt động kinh doanh của ACB, nhưng đã tham gia việc thống nhất đề ra chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào các tổ chức tín dụng và chủ trương mua cổ phiếu trên thị trường chứng khoán trái quy định của pháp luật, gây thiệt hại 1.406 tỷ đồng cho ACB. Cáo trạng xác định, hành vi của bị can Phạm Trung Cang đã phạm tội “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng”.
Ngoài ra, ông Phạm Trung Cang còn có hành vi thống nhất ban hành chủ trương mua cổ phiếu trên thị trường chứng khoán trái quy định của pháp luật cùng các bị can Trịnh Kim Quang, Lê Vũ Kỳ, Lý Xuân Hải, Huỳnh Quang Tuấn, Nguyễn Đức Kiên và hành vi thống nhất tổ chức thực hiện việc đầu tư cổ phiếu ACB của Nguyễn Đức Kiên và Lê Vũ Kỳ, gây thiệt hại cho ACB số tiền là 687 tỷ đồng.
Đối với bị can Huỳnh Quang Tuấn, cáo trạng cho biết, ông Huỳnh Quang Tuấn được tham gia cuộc họp của thường trực HĐQT ACB vào ngày 22/3/2010 và đồng tình với chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào các tổ chức tín dụng. Việc ủy thác cho nhân viên gửi tiền tiết kiệm đã dẫn đến việc bị Huỳnh Thị Huyền Như chiếm đoạt số tiền 718 tỷ đồng xảy ra trong thời điểm Huỳnh Quang Tuấn đang là thành viên thường trực HĐQT ACB.
Do đó, cáo trạng xác định, bị can Huỳnh Quang Tuấn phải chịu trách nhiệm về chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào các tổ chức tín dụng trái pháp luật gây thiệt hại cho ACB số tiền 718 tỷ đồng. Hành vi này đã phạm tội “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng”.
Điểm mới thứ hai của bản cáo trạng mới là cho phép cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) kê biên 3 bất động sản do Nguyễn Đức Kiên và vợ đứng tên sở hữu, gồm: nhà và đất tại số 5 - Hồ Biểu Chánh, phường 12, quận Phú Nhuận, TP.HCM; nhà và đất ở tại số 22 - Hoàng Dư Khương, phường 12, quận 10, TP.HCM; kê biên hơn 2.400 m2 đất tại 78/6 Bình Lợi, phường 13, quận Bình Thạnh, TP.HCM.
Trong vụ án này, ông Nguyễn Đức Kiên, tức “bầu Kiên”, bị truy tố 4 tội danh, gồm: “kinh doanh trái phép”; “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng”; “lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “trốn thuế”.
Hai bị can Trần Ngọc Thanh (Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư ACB Hà Nội); Nguyễn Thị Hải Yến (Kế toán trưởng Công ty cổ phần Đầu tư ACB Hà Nội) bị truy tố về tội “lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Các bị can Trần Xuân Giá (nguyên Chủ tịch HĐQT Ngân hàng ACB); Lê Vũ Kỳ, Trịnh Kim Quang (đều nguyên Phó chủ tịch Ngân hàng ACB); Lý Xuân Hải (nguyên Tổng giám đốc Ngân hàng ACB); Phạm Trung Cang (nguyên Phó chủ tịch HĐQT Ngân hàng ACB); Huỳnh Quang Tuấn (nguyên thành viên thường trực HĐQT Ngân hàng ACB) bị truy tố về tội “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng”.
Tổng số tiền thiệt hại do 9 bị can gây ra trong vụ án này là gần 1.700 tỷ đồng.
Theo đánh giá của luật sư Phạm Thị Hương (Công ty Luật Song Thanh), chiểu theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, thì ông Nguyễn Đức Kiên bị truy tố về 4 tội danh và những hành vi vi phạm đều gây hậu quả nghiêm trọng. Áp dụng quy định về tổng hợp hình phạt tại Điều 50, Bộ luật Hình sự, thì ông Kiên rất có thể đối mặt án phạt tù chung thân, nếu phiên tòa xét xử xác định 4 tội danh trên.