Vụ án này từng được đưa ra xét xử năm 2015, nhưng bị trả hồ sơ để làm rõ số cổ phần của bị cáo Trương Thị Hải Yến, nguyên Phó hiệu trưởng Trường Trung học phổ thông dân lập Phương Nam.
Theo hồ sơ, năm 1996, Trương Thị Hải Yến cùng một số người trong gia đình góp vốn đầu tư thành lập Trường Tiểu học dân lập Phương Nam.
2 năm sau, Yến mở rộng quy mô thành lập thêm Trường Trung học phổ thông dân lập Phương Nam. Đến năm 2008, Yến tiếp tục thành lập 2 pháp nhân là Công ty TNHH Tư vấn đầu tư phát triển giáo dục đào tạo Phương Nam (vốn điều lệ 1,5 tỷ đồng) và Công ty TNHH Tư vấn đầu tư phát triển giáo dục và đào tạo Việt Anh (vốn điều lệ 62 tỷ đồng).
Các cổ đông sáng lập hai công ty trên gồm Trương Thị Hải Yến, Trương Thị Kim Dung (em gái Yến) và Mai Huy Thành (con trai Yến). Số vốn điều lệ là tự khai, thực chất Công ty không có phòng ban, không hoạt động, song vẫn xuất hóa đơn và kê khai nộp thuế cho doanh thu từ Trường Trung học phổ thông dân lập Phương Nam.
Năm 2010, Yến thành lập Công ty cổ phần Đầu tư phát triển giáo dục đào tạo Thành Sơn. Vốn điều lệ Công ty được đăng ký lên đến 268 tỷ đồng. Ngay sau đó, Yến cùng con trai ký kết hợp đồng liên kết với nội dung sáp nhập toàn bộ cơ sở vật chất, bộ máy tổ chức và tài sản của Trường Phương Nam vào Công ty Thành Sơn.
Thành lập nhiều công ty, nhưng không hoạt động, quá trình điều hành quản lý Trường Phương Nam, Yến sử dụng danh nghĩa trường này huy động vốn, vay tiền nhiều người, trong đó có anh Bùi Thanh Sơn (ở quận Đống Đa) số tiền 20,3 tỷ đồng, lãi 10 -15%/tháng.
Mất khả năng trả nợ, Trương Thị Yến thỏa thuận với anh Sơn bán cổ phần Công ty Thành Sơn và gán số cổ phần tương ứng với khoản nợ. Anh Sơn nói lại chủ trương này cho gia đình anh Bùi Hoàng Linh (em họ anh Sơn).
Khi đàm phán, các bị cáo đều khẳng định các pháp nhân (Công ty Thành Sơn, Việt Anh, Trường Bình Minh, Trường Phương Nam) là một. Tổng giá trị 2 hợp đồng chuyển nhượng là 229,5 tỷ đồng. Anh Linh chuyển trước 100,5 tỷ đồng và trả nợ gốc, lãi cho anh Sơn số tiền 128 tỷ đồng.
Thực tế, từ tháng 5/2011, Yến làm thủ tục thay đổi đăng ký kinh doanh của Công ty Thành Sơn lần thứ 2 tăng vốn điều lệ lên 469 tỷ đồng, các thành viên gồm Yến, Dung, Thành.
Đối với Công ty Việt Anh, Dung làm thủ tục thay đổi đăng ký kinh doanh, tăng vốn lên 135 tỷ đồng, sau đó là 356 tỷ đồng, cũng gồm 3 thành viên như trên. Những lần công ty thay đổi đăng ký kinh doanh, nhưng anh Bùi Hoàng Linh không có tên trong sổ đăng ký thành viên.
