Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ trước đó, Tổng giám đốc Tổng Cty Vật tư Nông nghiệp Việt Nam (Vigecam) Nguyễn Đức Phong bị cho là được bỏ qua hành vi sử dụng hồ sơ giả mang tên trường Kỹ thuật – Quân chính – Quân đoàn 3 để dự thi tại chức trường ĐH Ngoại thương năm 1991 và bổ sung hồ sơ giả để che dấu hành vi nêu trên.
Trụ sở TCty Vật tư Nông nghiệp Việt
Nhà chức trách kết luận, ngày 25/1/2008, khi đó ông Nguyễn Đức Phong còn đương chức phó TGĐ (quy hoạch TGĐ Vigecam) đã viết giấy cam kết về bằng cấp của mình như sau: “Trước khi dự thi, nhà trường (trường ĐH Ngoại Thương - PV) đã kiểm tra hồ sơ và xét các điều kiện tham dự thi tuyển khóa 11, hồ sơ đủ điều kiện dự thi, có giấy chứng nhận bản gốc cấp III, hệ bổ túc văn hóa 10/10 tại trường Kỹ thuật, Quân chính Quân đoàn 3….
Tại bản sơ yếu lý lịch ông Phong khai: từ tháng 7 năm 1984 đến tháng 11 năm 1998 bộ đội thuộc các Sư đoàn 31, Quân đoàn 3, trường Kỹ thuật quân sự Quân đoàn 3”…Tại thời điểm thanh tra, ông Phong có trong tay văn bản do ông Nguyễn Ngọc Tuân, phó chủ nhiệm khoa Đào tạo và Bồi dưỡng Tại chức (ĐH Ngoại thương) ký xác nhận ngày 8/1/2008 với nội dung sau: “Sinh viên Nguyễn Đức Phong là cán bộ đã qua quân đội, có nguyện vọng xin dự thi tuyển đại học Tại chức tại trường ĐH Ngoại Thương. Trước khi dự thi, nhà trường đã kiểm tra hồ sơ và xét các điều kiện dự thi tuyển sinh khóa 11, hồ sơ đã đủ điều kiện dự thi, có giấy chứng nhận bản gốc đã học hết cấp III hệ bổ túc văn hóa tại trường Kỹ thuật, Quân chính, Quân đoàn 3. Do thời gian quá lâu nên bản chính bằng bổ túc văn hóa không còn lưu lại trong hồ sơ tuyển sinh”.
Tại giấy chứng nhận (cấp lại) ngày 17/3/2008 do đại tá Võ Mạnh Thắng – hiệu trưởng Trường quân sự Quân đoàn 3 ký chứng nhận: “ông Nguyễn Đức Phong … đã học xong và tốt nghiệp bổ túc 10/10”. Tuy nhiên, Thanh tra Chính phủ làm việc với lãnh đạo nhà trường và được xác nhận như sau: “Trường Quân sự Quân đoàn 3 trước đây là trường Quân chính Quân đoàn 3 không có hồ sơ học bổ túc văn hóa của ông Nguyễn Đức Phong….”.
Tại văn bản số 734/NT-B1 ngày 5/8/2010 của Cục Nhà trường (Bộ Tổng tham mưu QĐND Việt Nam) xác nhận với đoàn thanh tra như sau: Trong danh sách cấp bằng tốt nghiệp từ tháng 7/1984 đến 7/1985, tại hội đồng thi trường Văn hóa Quân đoàn 3 không có thí sinh nào tên Nguyễn Đức Phong và cũng không có tên trường Kỹ thuật Quân chính, Quân doàn 3…
Theo biên bản làm việc với Thanh tra Chính phủ, lãnh đạo Trường ĐH Ngoại thương xác nhận: ngày 8/1/2008, ông Nguyễn Ngọc Tuân- phó trưởng khoa đào tạo và Bồi dưỡng tại chức xác nhận theo đề nghị của đoàn cán bộ Vụ Tổ chức cán bộ (Bộ NN&PTNT) để phục vụ công tác quy hoạch về trường hợp sinh viên Nguyễn Đức Phong thì tại thời điểm xác nhận trường ĐH Ngoại Thương không còn lưu giữ hồ sơ. Ban Giám hiệu yêu cầu ông Tuân giải trình và ông Tuân chỉ cung cấp được Giấy chứng nhận (cấp lại) ngày 17/3/2008 của trường Quân sự Quân đoàn 3…
Thanh tra Chính phủ kết luận đoàn kiểm tra của Bộ NN&PTNT chưa kiểm tra, làm rõ sự việc đã kết luận nội dung đơn kiến nghị là không đúng, do đó người tố cáo nghi ngờ Bộ NN&PTNT bao che cho sai phạm của ông Phong là có cơ sở. Sau khi có kết luận của Thanh tra Chính phủ, Ban cán sự đảng Bộ NN&PTNT có báo cáo gửi Ủy ban Kiểm tra Trung ương cho biết bằng cấp của ông Phong là "chính xác và hợp lệ", theo đúng quy định tại Thông tư số 256/TT-ĐTTC ngày 17/4/1990 của Bộ GD&ĐT.
