Theo Bộ Kế hoạch và Đầu tư, các điểm mới của Thông tư 03 so với Thông tư 09 bao gồm: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước nước ngoài được tách thành giấy cấp lần đầu và các giấy điều chỉnh - là bộ phận không tách rời của giấy cấp lần đầu (thay vì các giấy điều chỉnh thay thế các giấy đã cấp trước đó); đồng thời, Thông tư 03 có Hướng dẫn cụ thể về các trường hợp thực hiện và không thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước nước ngoài;
Bên cạnh đó, mẫu văn bản đề nghị cấp/điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước nước ngoài được đơn giản hóa, lược bỏ các nội dung giải trình không cần thiết đối với tính chất đăng ký của hồ sơ, tuy nhiên bổ sung nội dung kê khai về hình thức đầu tư ra nước ngoài để đảm bảo xác định đúng các hình thức đầu tư ra nước ngoài theo quy định của Luật; Các mẫu báo cáo tình hình thực hiện dự án hàng quý/năm được bổ sung hướng dẫn về thời hạn gửi, thời gian lấy số liệu, nơi gửi;
Thông tư 03 cũng bổ sung mẫu báo cáo tình hình hoạt động của dự án tại nước ngoài hàng năm (bằng lời) theo quy định tại điểm c khoản điều 72 Luật Đầu tư 2014 mà hiện chưa có hướng dẫn; Hướng dẫn cụ thể về việc nộp tài liệu về cam kết thu xếp ngoại tệ. Ngoài ra, một số mẫu văn bản khác được điều chỉnh lại từ ngữ để rõ ràng hơn, tránh gây nhiều cách hiểu.
Đáng chú ý, thông tư 03 có quy định chuyển tiếp. Theo đó Dự án đã được cấp, điều chỉnh Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư ra nước ngoài, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài trước khi Thông tư này có hiệu lực không phải làm thủ tục để cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài theo mẫu quy định tại Thông tư này.
Khi nhà đầu tư đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài hoặc điều chỉnh nội dung trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài, Bộ Kế hoạch và Đầu tư sẽ xem xét cấp lại hoặc cấp điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài theo mẫu quy định tại Thông tư 03.
Đối với các hồ sơ đã nộp trước khi Thông tư này có hiệu lực, nhưng chưa xử lý xong thì hồ sơ và thủ tục tiếp tục thực hiện theo quy định của Thông tư số 09/2015/TT-BKHĐT nhưng Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài cấp cho nhà đầu tư sẽ được áp dụng theo mẫu quy định tại Thông tư 03.
Thông tư 03 hướng dẫn các mẫu văn bản thực hiện các thủ tục về đầu tư ra nước ngoài tại Bộ Kế hoạch và đầu tư được quy định tại Luật Đầu tư số 67/2014/QH13, Nghị định số 83/2015/NĐ-CP ngày 25/9/2015 của Chính phủ quy định về đầu tư ra nước ngoài và Nghị định số 124/2017/NĐ-CP ngày 15/11/2017 của Chính phủ quy định về đầu tư ra nước ngoài trong hoạt động dầu khí.
Bao gồm: Thủ tục đề nghị cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài; Thủ tục đề nghị điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước nước ngoài; Thủ tục đề nghị chấm dứt hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước nước ngoài; Thủ tục thông báo hoạt động đầu tư ở nước ngoài; Thủ tục báo cáo tình hình hoạt động đầu tư ở nước ngoài; Thủ tục đề nghị gia hạn việc chuyển lợi nhuận của dự án tại nước ngoài về nước; Thủ tục thông báo cho Ngân hàng Nhà nước Việt Nam trong trường hợp nhà đầu tư Việt Nam chuyển toàn bộ vốn đầu tư ở nước ngoài cho nhà đầu tư nước ngoài.
Thông tư 03 sẽ thay thế Thông tư 09/2015/TT-BKHĐT và chính thức có hiệu lực kể từ ngày 01/12/2018.