CQĐT đã đề nghị Viện KSND Tối cao truy tố 4 bị can gồm: Trần Hải Sơn, nguyên Tổng giám đốc và Trần Văn Quang, nguyên Trưởng phòng Kế hoạch Công ty TNHH Sửa chữa tàu biển Vinalines; Trần Bá Hùng, nguyên cán bộ Công ty TNHH Sửa chữa tàu biển Hyundai Vinashin; Phạm Bá Giáp, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Nguyên Ân.
Các bị can trên bị cáo buộc có hành vi “gửi giá”, nâng từ 26.600 đồng/kg sắt hàn lên thành 36.500 đồng trong quá trình sửa chữa ụ nổi 83M để tham ô hơn 3,3 tỷ đồng. Sau khi xem xét hồ sơ, Viện KSND Tối cao đã đề nghị CQĐT làm rõ thêm một số nội dung của vụ án.
Tại kết luận điều tra bổ sung, CQĐT khẳng định: mặc dù có sự thay đổi lời khai, song vẫn đủ cơ sở kết luận Sơn chỉ đạo Quang thỏa thuận với Hùng việc “gửi giá”. Sau đó, Quang là người chuyển cho Sơn 2,2 tỷ đồng và Sơn đã lấy 650 triệu trả nợ khoản Sơn vay của công ty; Quang chiếm hưởng 453 triệu đồng; Hùng chiếm hưởng 395 triệu đồng và Giáp được chia 178 triệu đồng.
Thực hiện Dự án nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía Nam, tổng công ty Hàng hải Việt Nam đã duyệt chủ trương đầu tư ụ nổi 83M là thành phần chính của dự án. Mua ụ nổi 83M cũ, hư hỏng nặng nên trước khi lắp đặt, dự án đã thuê nhà máy của Hùng và một số đơn vị khác sửa chữa.
Theo cơ quan điều tra, hai hợp đồng kinh tế 01 và 02 đã "giúp" cho ông Sơn, Quang và Hùng chiếm đoạt số tiền trên.
Đối với yêu cầu điều tra chứng minh làm rõ việc Sơn khai sử dụng 650 triệu đồng chi cho hoạt động chung của công ty, cơ quan chức năng có kết luận, ông này dùng số tiền trên để trả nợ khoản vay trước đó.
Trong vụ án trên, cơ quan điều tra Bộ Công an chỉ làm rõ hành vi tham ô trong việc sửa chữa ụ nổi 83M, còn phần cố ý làm trái trong việc mua ụ nổi liên quan đến Dương Chí Dũng, nguyên chủ tịch HĐQT Vinalines, Cục trưởng Cục hàng hải Việt Nam đã được tách ra điều tra xử lý trong vụ án khác.