Năm 2011, Đoàn kiểm tra của Cục thuế Hà Nội đã tiến hành kiểm tra hoạt động chuyển nhượng bất động sản của Mipec tại dự án 229 Tây Sơn (Hà Nội) và nhận thấy, Công ty đã chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp các năm 2009, 2010.
Chẳng hạn, năm 2009, doanh thu chịu thuế là hơn 266 tỷ đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính 2% là hơn 5 tỷ đồng. Công ty đã chậm nộp hơn 597 ngày.
Năm 2010, Công ty có doanh thu chịu thuế là 184,7 tỷ đồng, thuế tạm tính 2% là 3,6 tỷ đồng. Công ty chậm nộp là 232 ngày.
Đến tận tháng 11/2011, Công ty mới nộp với số thuế hai năm 2009, 2010 với tổng số tiền là 14,5 tỷ đồng.
Trong khi đó, với dự án MIPEC số 183 Nguyễn Lương Bằng (Hà Nội), hoạt động chuyển nhượng và doanh thu phát sinh từ năm 2011, nhưng năm 2012, Công ty mới kê khai doanh thu. Như vậy, với doanh thu kê khai không đúng thời điểm, Công ty phải chịu tiền chậm nộp.
Tuy nhiên, với cả 2 trường hợp trên, Mipec mới chỉ nới các khoản thuế phải đóng, chưa nộp số tiền chậm nộp. Do đó, Thanh tra Chính phủ cho rằng, Công ty MIPEC phải kê khai, nộp bổ sung vào ngân sách số tiền chậm nộp hơn 2,4 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi về ngân sách số tiền này.
Được biết, Công ty MIPEC được thành lập năm 2003 với vốn điều lệ 20 tỷ đồng từ 3 cổ đông sáng lập gồm Tổng công ty Xuất nhập khẩu Tổng hợp Vạn Xuân (Vaxuco), Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) và Ngân hàng TMCP Quân đội (MB).
Sau quá trình tăng vốn, đến năm 2015, vốn điều lệ của MIPEC tăng lên thành 1.000 tỷ đồng, tăng 50 lần so với ngày đầu thành lập.
Ngoài lĩnh vực kinh doanh xăng dầu có từ khi thành lập, MIPEC còn phát triển mảng bất động sản và kinh doanh bán lẻ.
