Đoàn thanh tra đã phát hiện rất nhiều sai phạm về tài chính của cơ quan hải quan như việc áp mã thuế không chính xác. Trong đó, đã để doanh nghiệp nợ đọng thuế, có khả năng gây thất thu lớn cho ngân sách.
Đặc biệt là ở Cục Hải quan Hà Nội, theo Thanh tra Chính phủ, sai phạm ở đây kéo dài, có hệ thống, có biểu hiện tùy tiện, thiếu trách nhiệm gây thất thoát tài sản nhà nước. Những sai phạm nói trên có liên quan đến công tác quản lý, chỉ đạo, kiểm tra của Tổng cục Hải quan.
