Cơ cấu tổ chức của đơn vị sẽ thay đổi từ ngày 1/1/2016. STG cũng sẽ giải thể Xí nghiệp Dịch vụ kho bãi cảng, Xí nghiệp Dịch vụ kho vận giao nhận, Xí nghiệp Vật tư xăng dầu, Xí nghiệp Đại lý giao nhận vận tải quốc tế, Xí nghiệp Giao nhận vận tải quốc tế tiêu điểm và Cảng kho vận.
Việc giải thể sẽ được thực hiện trước ngày 31/12/2015. Cùng với đó, HĐQT STG thống nhất góp vốn thành lập CTCP Cảng Miền Nam phục vụ việc khai thác cảng. Công ty mới có vốn điều lệ là 20 tỷ đồng, trong đó STG góp 51%, tương đương 10,2 tỷ đồng.
Việc thành lập công ty con nằm trong lộ trình sử dụng vốn thu được từ phương án phát hành 19,2 triệu cổ phiếu để tăng vốn điều lệ và 500 tỷ đồng trái phiếu chuyển đổi để bổ sung và tái cơ cấu nguồn vốn hoạt động sản xuất - kinh doanh giai đoạn 2015 - 2016 mà ĐHĐCĐ bất thường tổ chức ngày 20/8 thông qua. Đáng chú ý, giá phát hành bằng mệnh giá, tức chưa bằng 1/3 thị giá hiện tại. Đợt đầu, STG đã phát hành thành công xấp xỉ 5,43 triệu cổ phiếu để tăng vốn lên gần 140 tỷ đồng, bao gồm hơn 1,25 triệu cổ phiếu trả cổ tức năm 2014 (tỷ lệ 15%).