Cụ thể, qua thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) giai đoạn 2009 - 2014, Cục Thuế TP. HCM đã ra quyết định thu hồi và xử phạt vi phạm hành chính SFN hơn 3,4 tỷ đồng.
Theo giải thích của SFN, sở dĩ Công ty bị thu hồi tiền thuế và bị xử phạt là do SFN xác định và thực hiện thuế suất thuế GTGT đầu ra là 5% khi bán chỉ cước nhập khẩu phục vụ đánh bắt thủy hải sản, trong khi mức thuế suất do cơ quan thuế xác định là 10%.
Do đó, Cục Thuế TP. HCM đã quyết định thu hồi về ngân sách phần chênh lệch 5% thuế suất thuế GTGT đã hoàn cho SFN từ năm 2009 - 2014.