Theo đó, dựa trên cơ chế cấp C/O, cơ chế tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa và chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo quy định nước nhập khẩu hiện đang thực thi và chuẩn bị triển khai tại Việt Nam, đối tượng áp dụng của Thông tư 39 là cơ quan, tổ chức cấp C/O; cơ quan, tổ chức cấp văn bản chấp thuận tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa; tổ chức tiếp nhận đăng ký mã số chứng nhận xuất xứ hàng hóa và thương nhân.
Việc kiểm tra hồ sơ chứng từ chứng nhận xuất xứ đã cấp hoặc đã phát hành và kiểm tra, xác minh xuất xứ tại cơ sở sản xuất được thực trong các trường hợp: cơ quan có thẩm quyền nước nhập khẩu đề nghị kiểm tra, xác minh xuất xứ hàng hóa; cơ quan, tổ chức có thẩm quyền trong nước tiến hành kiểm tra, xác minh, quản lý rủi ro và chống gian lận xuất xứ hàng hóa; cơ quan chức năng khác trong nước đề nghị phối hợp khi có lý do nghi ngờ hoặc phát hiện dấu hiệu gian lận xuất xứ hàng hóa.
Thông tư 39/2018/TT-BCT có hiệu lực kể từ ngày 14/12/2018.