Trong quá trình hoạt động, HPPMB được PC3 giao quản lý đầu tư xây dựng nhiều công trình thủy điện do PC3 làm chủ đầu tư. Trong đó, đáng chú ý nhất là thủy điện Đrây H’linh 2 (huyện Cư Jút, Đăk Lăk), công suất 16MW; thủy điện Đăk Pône, công suất 15,6 MW, nằm trên địa bàn 2 xã Măng Cành và Đăk Long, tỉnh Kon Tum… Ngoài ra, HPPMB cũng đã ký kết hợp đồng tư vấn quản lý, giám sát thi công xây dựng, lắp đặt thiết bị… cho một số dự án khác như: thủy điện Hương Điền (công suất 54 MW, Thừa Thiên Huế), thủy điện Định Bình (6,6 MW, Bình Định), Thủy điện H’Chan (12 MW, Gia Lai), Thủy điện Khe Diên (9MW, Quảng Nam).
Sắp tới, HPPMB sẽ triển khai khảo sát đầu tư những dự án thủy điện mới như: thủy điện Đăkrông 1, công suất 15,6 MW (Quảng Trị), thủy điện Sông Tranh 5, công suất 49 MW (Quảng
