Lúc 9h23 sáng 2/4, tàu SE5 đi từ Hà Nội vào TP HCM, khi đến đoạn qua thôn Thượng Đình (xã Nhị Khê, huyện Thường Tín, Hà Nội), thuộc khu gian Văn Điển - Thường Tín, đã va chạm với ôtô tải khi xe này cố vượt qua đường sắt tại lối đi tự mở.
Vụ tai nạn khiến ôtô văng ra ngoài và nằm dọc theo đường ray, toàn thân xe móp méo, biến dạng; lái xe ôtô bị thương nặng được tổ lái tàu đưa đi cấp cứu. Tàu SE5 không bị hư hỏng và tiếp tục hành trình sau 30 phút xảy ra tai nạn.
Theo Ban An toàn đường sắt (Tổng công ty đường sắt Việt Nam), vị trí xảy ra tai nạn là lối đi do người dân tự mở, ngành đường sắt đã phối hợp với địa phương thu hẹp dưới 3 m và cắm biển Chú ý tàu hỏa, yêu cầu địa phương tổ chức cảnh giới.
