Cơ quan điều tra xác định đây là vụ án có tính chất nghiêm trọng, phức tạp. Tài liệu chiếm đoạt của vụ án tham nhũng, tính chất đặc biệt nghiêm trọng được dư luận quan tâm.
Các bị can là những cán bộ từng công tác tại các cơ quan bảo vệ pháp luật, am hiểu pháp luật, nhưng có thủ đoạn tinh vi, triệt để lợi dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật tiên tiến, mạng internet để thực hiện hành vi, xóa dấu vết, che giấu tội phạm nên gây khó khăn đến công tác điều tra.
Theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Đức Chung đã liên hệ với Phạm Quang Dũng (cán bộ Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu Bộ Công An; người được trưng dụng tham gia hỗ trợ điều tra vụ án Công ty Nhật Cường) để lấy thông tin, tài liệu vụ án Nhật Cường. Lý do là trong vụ án này ông Nguyễn Đức Chung và vợ được xác định là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Từ tháng 7/2019 đến đầu tháng 6/2020, Dũng đã 5 lần lẻn vào phòng làm việc riêng của chỉ huy, chiếm đoạt 9 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước.
Cơ quan điều tra xác định Dũng chuyển tổng cộng 12 tài liệu của vụ án Nhật Cường cho ông Nguyễn Đức Chung. Trong đó có 6 tài liệu thuộc danh sách mật.
Cụ thể, lần thứ 1 vào hồi 20h ngày 20/7/2019, Dũng đã đặt xe trên ứng dụng Grab từ nhà mình đến nhà ông Nguyễn Đức Chung. Tại đây, cả hai trao đổi về một số nội dung điều tra vụ án Nhật Cường. Sau khi ra về, Dũng đã in tài liệu và để vào phong bì dán kín. Theo yêu cầu của ông Nguyễn Đức Chung, Nguyễn Hoàng Trung (chuyên viên Phòng Thư ký biên tập thuộc Văn phòng UBND Hà Nội) đã đến nhà Dũng gặp để nhận các tài liệu trên.
Lần 2, vào tối 25/8/2019, Dũng liên hệ với ông Nguyễn Đức Chung về việc có tài liệu. Lần này, Nguyễn Hoàng Trung tiếp tục nhận chỉ đạo của ông Nguyễn Đức Chung để đến nhà Dũng nhận các tài liệu trên.
Làn 3, vào sáng 10/6/2020, Dũng sử dụng ứng dụng viber để chuyển cho ông Nguyễn Đức Chung gồm 3 tài liệu mật liên quan đến vụ án Nhật Cường. Ông Nguyễn Đức Chung đã chuyển các tài liệu trên cho Nguyễn Hoàng Trung để bị can này in ra giấy. Trung chuyển cho Nguyễn Anh Ngọc nhờ in tài liệu để đưa cho ông Nguyễn Đức Chung.
Trong vụ án này, hai cựu cán bộ Văn phòng UBND Hà Nội bị cáo buộc nhận 3 tài liệu thuộc danh mục bí mật Nhà nước từ ông Nguyễn Đức Chung, sau đó, họ in ra giấy để chỉnh sửa, cắt phần chữ ký trang cuối của tài liệu mật.
Theo kết luận điều tra, ngày 10/7/2020, Phạm Quang Dũng đã ra tự thú, báo cáo sai phạm với Cục Cảnh sát kinh tế.
