Cụ thể, DN tham gia hoạt động xuất nhập khẩu khai hải quan sai, nhưng trị giá hàng hoá vi phạm dưới 10 triệu đồng đối với hàng không chịu thuế, hàng miễn thuế; số tiền khai sai thuế không quá 500.000 đồng (đối với cá nhân) và 1.000.000 đồng đối với DN, tổ chức; khai đúng tên hàng hoá nhưng sai mã số, sai thuế suất đều không bị xử phạt hành chính. Việc loại bớt những trường hợp xử phạt hành chính trong lĩnh vực hải quan, theo giải thích của Bộ Tài chính là để phù hợp với Hiệp định chung về thuế quan và thương mại (GATT 1947) và Phụ lục tổng quát của Công ước
Theo Dự thảo, hành vi trốn thuế, gian lận thuế nhập khẩu cũng sẽ được giảm nhẹ đáng kể nhằm tạo điều kiện cho DN khai hải quan tự kiểm tra và điều chỉnh việc khai cho chính xác. Cụ thể, những trường hợp khai báo hải quan sai bị cơ quan hải quan phát hiện trong quá trình thông quan mà không thuộc trường hợp cố ý để gian lận thuế, trốn thuế đều không bị coi là hành vi trốn thuế nên chỉ bị phạt tiền thiếu thuế bằng 10% số tiền khai sai. Trường hợp DN khai sai, nhưng hàng hoá đã thông quan dưới 60 ngày mà DN đã kịp thời phát hiện và tự nguyện bổ sung hồ sơ trước khi cơ quan hải quan kiểm tra thì chỉ bị phạt vi phạm hành chính ở mức cảnh cáo hoặc phạt tiền, không truy cứu trách nhiệm về hành vi trốn thuế. Theo Dự thảo, hành vi trốn thuế cũng không áp dụng đối với trường hợp DN khai hải quan sai mà không bổ sung hồ sơ sau khi hàng hoá đã thông quan (kể cả trường hợp quá 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai), bị hải quan phát hiện, nhưng DN tự nguyện khắc phục hậu quả trong vòng 10 ngày kể từ ngày bị lập biên bản. Trường hợp này, DN chỉ phải bị phạt 10% số thuế còn thiếu do khai sai. Tuy nhiên, nếu DN không tự giác khắc phục hậu quả sẽ bị coi là trốn thuế, gian lận thuế và bị xử phạt số tiền gấp từ 1 đến 3 lần số tiền trốn thuế, gian lận thuế. Nếu DN tiếp tục không chấp hành quyết định xử phạt hành chính sẽ bị cưỡng chế bằng nhiều hình thức khác nhau, từ trích tiền từ tài khoản tại kho bạc nhà nước, ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác; yêu cầu phong toả tài khoản; khấu trừ một phần tiền lương hoặc thu nhập của cá nhân có trách nhiệm; kê biên tài sản, bán đấu giá tài sản kê biên để thu đủ tiền thuế, tiền phạt… đến dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu; thu hồi mã số thuế; đình chỉ việc sử dụng hóa đơn; thu hồi giấy chứng nhận kinh doanh.
Nhằm tăng sức cạnh tranh của hàng hoá trên thị trường thế giới, theo biểu thuế xuất khẩu hiện hành, ngoại trừ xuất khẩu hàng hoá là tài nguyên thiên nhiên và một số ít hàng hoá khác phải chịu thuế xuất khẩu, còn lại tất cả hàng hoá, dịch vụ khác đều được hưởng thuế xuất khẩu 0% nên việc DN khai sai số lượng, chủng loại hàng hoá xuất khẩu cũng không ảnh hưởng đến việc quản lý xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, hàng hoá xuất khẩu lại thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào do không tiêu dùng trong nước. Lợi dụng chính sách hoàn thuế, kể từ năm 2000 trở lại đây, đã xuất hiện tình trạng DN khai khống hàng hoá xuất khẩu, thậm chí không xuất khẩu cũng kê khai để bòn rút tiền hoàn thuế. Để ngăn chặn tình trạng này, trong Dự thảo Nghị định về xử lý vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan, Bộ Tài chính đề nghị tăng hình phạt tiền đối với hành vi khai khống hàng xuất khẩu lên từ 2 triệu đồng đến 10 triệu đồng, đồng thời đưa một số hành vi vi phạm quy định về kiểm soát hải quan vào khung hình phạt vi phạm hành chính như việc đưa hàng hoá qua biên giới không đúng địa điểm, cửa khẩu quy định; chứa chấp, vận chuyển, mua bán hàng hoá xuất nhập khẩu không có chứng từ hợp lệ…
Mặc dù thời hiệu xử phạt trong Pháp lệnh Xử phạt hành chính chỉ có giá trị 2 năm, nhưng trong Dự thảo, Bộ Tài chính kiến nghị chỉ thực hiện thời hiệu 2 năm đối với hành vi vi phạm thủ tục hải quan, còn thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi chậm nộp tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế kéo dài tới 5 năm kể từ ngày hành vi vi phạm của DN được thực hiện. Quá thời hiệu xử phạt, DN mặc dù không bị xử phạt vi phạm hành chính nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước.
