Cụ thể, 39/47 địa phương được kiểm toán vẫn còn quyết toán một số khoản chi không đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức. Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị thu hồi, nộp NSNN, giảm thanh toán, dự toán năm sau 670,7 tỷ đồng, trong TP.HCM 19 tỷ đồng, Hà Nội 17 tỷ đồng, Bình Thuận 171 tỷ đồng, Tây Ninh 132 tỷ đồng, Quảng Bình 177 tỷ đồng, Bà Rịa - Vũng Tàu 74 tỷ đồng, Bình Định 49 tỷ đồng…
Kết quả kiểm toán cũng cho thấy, năm 2016, một số địa phương điều hành chi ngân sách trong điều kiện hụt thu (hụt thu ngân sách cấp tỉnh hoặc cấp huyện) chưa phù hợp quy định; 31/47 địa phương được kiểm toán sử dụng sai nguồn kinh phí 1.952 tỷ đồng, trong đó 18 địa phương còn sử dụng 156,7 tỷ đồng từ nguồn tăng thu, nguồn thu sử dụng đất... để bổ sung chi thường xuyên sai quy định; 22/47 địa phương chi hỗ trợ không đúng nhiệm vụ chi 121 tỷ đồng, trong đó một số địa phương còn hỗ trợ cho các công ty bóng đá; 16/47 địa phương chưa thu hồi kinh phí tiền lương đã giao cho các cơ sở khám chữa bệnh khi thực hiện giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế theo quy định 311 tỷ đồng.
Ngoài ra, còn có tình trạng sử dụng NSNN cấp tạm ứng cho các đơn vị để thực hiện các nhiệm vụ chi do các doanh nghiệp đảm bảo hoặc phải sử dụng nguồn tài trợ để chi hoặc giao dự toán cho doanh nghiệp để thực hiện nhiệm vụ cung ứng hàng hóa trong khi nhiệm vụ này do ngân sách đảm bảo và được thực hiện bởi các cơ quan quản lý nhà nước, tiềm ẩn rủi ro khi thực hiện.
