Số liệu của Tổng cục Hải quan cho thấy, 3 năm qua, mỗi năm cả nước nhập khẩu khoảng 140.000 - 150.000 tấn thủy hải sản các loại, trị giá 300 - 320 triệu USD, bao gồm cả con giống, cá cảnh, hàng trả về, trong đó đa phần là nguyên liệu thủy sản đông lạnh để chế biến tái xuất khẩu (chiếm khoảng 96%).
Tuy nhiên, việc nhập khẩu nguyên liệu thủy sản đông lạnh để gia công, chế biến hàng xuất khẩu đang gặp nhiều khó khăn khi cùng một lúc phải chịu các thủ tục kiểm soát đồng thời của 4 văn bản hiện hành của Bộ NN&PTNT, bao gồm: Quyết định 118/2008, Thông tư 78/2009, Thông tư 06/2010 và Thông tư 25/2010 với việc kiểm soát đồng thời của Cục Thú y và Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản (NAFIQAD).
Theo quy định của 4 văn bản trên, các doanh nghiệp có nhu cầu nhập khẩu nguyên liệu thủy sản để gia công, chế biến hàng xuất khẩu sẽ phải xuất trình Giấy chứng nhận xuất xứ lô hàng, Giấy chứng nhận chất lượng (Health Certificate - H/C) lô hàng do cơ quan thẩm quyền nước xuất cấp cho Cục Thú y, NAFIQAD và cả Cơ quan kiểm dịch động vật cửa khẩu (đối với Giấy H/C). Việc áp dụng bắt buộc này khiến các doanh nghiệp khó khăn trong việc thông quan bởi không phải nhà xuất khẩu nào cũng đồng ý cấp giấy H/C cho các lô hàng xuất khẩu sang Việt Nam; và nếu có cấp thì doanh nghiệp sẽ phải chịu thêm khoản phí phát sinh do kiểm tra, kiểm nghiệm, lưu kho bãi...
Doanh nghiệp chế biến thủy sản trong nước chủ yếu nhập nguyên liệu theo kiểu tạm nhập tái xuất để được hưởng thuế suất 0%. Tuy vậy, muốn được hưởng mức thuế này, các DN phải chứng minh sự hao hụt sản lượng qua quá trình chế biến. Còn với mức thuế nhập khẩu 10-20% như hiện nay, không doanh nghiệp chế biến nào nhập hàng theo kênh thông thường.
Theo Hiệp hội chế biến Xuất khẩu thủy sản Việt Nam, nhập khẩu nguyên liệu thủy sản để gia công, chế biến hàng xuất khẩu đang hết sức cần thiết với các doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam trong thời gian hiện nay do tình trạng thiếu trầm trọng nguồn nguyên liệu trong nước. Ngoài việc phát huy thế mạnh của ngành chế biến thủy sản xuất khẩu, nhập khẩu nguyên liệu để chế biến hàng xuất khẩu còn thúc đẩy tăng kim ngạch xuất khẩu, góp phần quay vòng ngoại tệ nhanh hơn và hạn chế nhập siêu. Từ đầu năm đến nay, các nhà máy chế biến thủy hải sản xuất khẩu chỉ hoạt động 40 - 60% công suất do nguồn lợi thủy sản ven bờ cạn kiệt, đội tàu khai thác xa bờ chưa phát huy được hiệu quả, lượng tôm nuôi không đủ cho chế biến đáp ứng các đơn hàng xuất khẩu… Vì vậy, Hiệp hội đề nghị Chính phủ xem xét điều chỉnh, cắt giảm thuế NK thủy sản xuống 0% như nhiều nước trong khu vực. Ngoài ra, Bộ NN&PTNT, Nafiqad và các cơ quan chức năng tạo điều kiện thuận lợi cho việc nhập khẩu nguyên liệu thủy sản của các doanh nghiệp như đơn giản hóa thủ tục hành chính, ưu tiên thông quan đối với các lô hàng thủy sản đông lạnh…. Theo ước tính của VASEP, năng lực chế biến của các nhà máy hội viên có thể hấp thụ được lượng nguyên liệu nhập khẩu trị giá tới cả tỷ USD/năm.
Tuy vậy, không ít chuyên gia trong lĩnh vực nông nghiệp tỏ ra lo ngại, nếu chấp thuận đề xuất giảm thuế nhập khẩu nguyên liệu thủy hải sản xuống còn 0% sẽ tạo điều kiện cho DN chuyển hướng sang nhập khẩu nguồn nguyên liệu có lợi nhất cho họ, không chú ý tới nguồn nguyên liệu trong nước và cũng không đầu tư cho vùng nuôi trồng. Điều này khiến ngành thủy sản khó có thể phát triển bền vững và làm phá sản các kế hoạch vùng quy hoạch nguyên liệu nuôi trồng thủy sản. Hơn nữa, Nhà nước đã tạo điều kiện cho các DN chế biến thủy hải sản khó khăn về nguyên liệu nhập dưới dạng tạm nhập tái xuất với mức thuế 0%.
Đại diện các doanh nghiệp thủy sản cho rằng, không nên quá lo lắng về vấn đề đó vì nếu ủng hộ thủy sản, Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn có thể đưa ra danh mục những nguyên liệu khuyến khích nhập khẩu. Đơn cử như cá ba sa là mặt hàng Việt Nam có thế mạnh nuôi trồng thì không nên cho nhập, hơn nữa có cho nhập thì giá nguyên liệu trong nước cũng thấp hơn giá thế giới. DN sẽ chỉ nhập khẩu những nguyên liệu mà trong nước không có hoặc có nhưng không đủ cung cấp để chế biến hàng xuất khẩu.
Doanh nghiệp thủy sản, nhất là các doanh nghiệp chế biến tôm xuất khẩu thiếu trầm trọng nguyên liệu, trong khi đó Việt Nam đang tìm mọi cách thúc đẩy xuất khẩu nhằm giảm nhập siêu. Đề xuất gỡ khó cho doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu thủy sản không mới, song nếu không được các cơ quan quản lý xem xét một cách thấu đáo thì nhiều nhà máy chế biến thủy sản tiếp tục chạy máy "cầm chừng".
