Theo cáo trạng, từ tháng 3/2009 đến tháng 12/2013, Ninh Văn Quỳnh được Nguyễn Xuân Sơn trực tiếp hoặc thông qua Nguyễn Xuân Thắng, nguyên Phó Giám đốc khối Khách hàng lớn và Đối tác chiến lược Oceanbank chuyển 20 tỷ đồng tiền mặt làm nhiều lần.
Trong giai đoạn tháng 3/2009 – 11/2010, khi Nguyễn Xuân Sơn là Tổng giám đốc Oceanbank, định kỳ khoảng 2-3 tháng, Sơn trực tiếp mang tiền đến phòng làm việc đưa cho Quỳnh. Mỗi lần đưa 500 triệu đồng, loại tiền 500.000 đồng, có lần đưa cùng quà nhưng cũng có lần chỉ đưa tiền. Khi đưa tiền chỉ có Quỳnh và Sơn, ngoài ra không có ai khác chứng kiến, việc đưa nhận tiền cũng không có giấy tờ biên nhận.
Giai đoạn Nguyễn Xuân Sơn được bổ nhiệm làm Phó Tổng giám đốc PVN (tháng 12/2010-12/2013), Sơn duy trì việc đưa tiền cho Quỳnh. Tuy nhiên, những lần đưa tiền, Sơn gọi điện bảo Quỳnh đến phòng làm việc hoặc kết hợp khi Quỳnh lên báo công việc.
Tiền được đựng trong các túi rượu hoặc áo sơ mi (nhưng bên trong chỉ đựng tiền). Một vài lần, Sơn trực tiếp đến phòng làm việc của Quỳnh đưa tiền.
Ngoài những lần trên, có hai lần Sơn gọi điện thoại hẹn Quỳnh lên phòng làm việc của Sơn để đưa tiền có sự chứng kiến của ông Nguyễn Xuân Thắng, Phó Giám đốc khối Khách hàng lớn và đối tác chiến lược Oceanbank (là em con chú ruột của Sơn).
Tại tòa, bị cáo Ninh Văn quỳnh khai nhận về những lần nhận tiền từ Nguyễn Xuân Sơn. Bị cáo hiểu đây là tiền Nguyễn Xuân Sơn đưa cho bị cáo.
Quá trình xét hỏi, bị cáo Nguyễn Xuân Sơn bất ngờ tiết lộ việc mua căn hộ ở Star City trị giá 5 tỷ đồng cho Ninh Văn Quỳnh. Bị cáo khai, việc mua căn hộ để khuyến khích Quỳnh phải quan tâm rõ ràng để PVN gửi tiền vào Oceanbank.
“Anh Hà Văn Thắm đưa cho tôi hợp đồng mua nhà đứng tên con trai anh Quỳnh. Tôi không biết có việc giao nhà hay chưa. Trong giai đoạn xảy ra vụ án, bị cáo chưa khai với cơ quan điều tra về căn hộ này”, bị cáo Sơn khai. Bị cáo cũng cho rằng chuyển cho Ninh Văn Quỳnh số tiền 30 tỷ đồng.
Đối chất lời khai trên, bị cáo Quỳnh khẳng định không có căn hộ nào ở Star City.
Với vai trò người làm chứng, bị án Hà Văn Thắm có lời khai về căn hộ trên. Hà Văn Thắm nói: “Tôi không nhớ Sơn nói mua nhà cho anh Quỳnh nhưng chắc chắn là tôi có đưa hợp đồng mua nhà cho anh Sơn. Trong thâm tâm tôi nghĩ anh Sơn mua nhà cho anh. Anh Sơn làm gì và thực hiện như nào tôi không biết”.
Cơ quan điều tra đã thu hồi toàn bộ các khoản tiết kiệm (cả gốc và lãi) của Ninh Văn Quỳnh tại các ngân hàng tổng số tiền 10,6 tỷ đồng và 3,5 tỷ đồng từ việc bán 40.000 chứng mã GAS của Tổng công ty CP Khí Việt Nam, lưu ký tại Công ty Chứng khoán Dầu khí đứng tên Ninh Văn Quỳnh.
Khám xét tại nhà, thu giữ số tiền 320 triệu đồng và 11.700 USD (tương đương 262 triệu đồng). Nguồn tiền mặt này, Quỳnh khai nhận là tiền tiết kiệm từ các nguồn tiền lương, thưởng lễ, tết…, không liên quan đến 20 tỷ đồng. Bị can Quỳnh đề nghị Cơ quan điều tra thu hồi, nộp vào tài khoản tạm giữ để được xem xét khắc phục hậu quả.
Quá trình điều tra, vợ Ninh Văn Quỳnh tự nguyện nộp khắc phục thêm 5,1 tỷ đồng. Như vậy, bị cáo và gia đình đã khắc phục toàn bộ số tiền chiếm đoạt.