Theo đơn khởi kiện của Licogi, năm 2010, Tổng công ty ký hợp đồng xây dựng, nhận thầu thi công công trình với CTCP Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long. Theo đó, Công ty thi công xây dựng cọc khoan nhồi đại trà tại Dự án Chung cư Binh đoàn 12 tại quận Từ Liêm, Hà Nội, giá trị hợp đồng là hơn 20,5 tỷ đồng. Hợp đồng có thỏa thuận rất chi tiết về tạm ứng và thanh toán.
Sau khi ký kết hợp đồng, phía Licogi đã triển khai thi công xây dựng cọc khoan nhồi và đến ngày 25/6/2010 thì kết thúc công việc. Ngày 30/6/2010, hai bên ký hồ sơ quyết toán với giá trị 20,2 tỷ đồng. Tính đến ngày 30/6/2010, Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long đã thanh toán cho Licogi hơn 14 tỷ đồng và còn nợ lại hơn 5,5 tỷ đồng.
Licogi đã nhiều lần yêu cầu thanh toán nốt khoản tiền này, nhưng đến nay, Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long vẫn chưa thực hiện. Chính vì vậy, Licogi đã khởi kiện đề nghị tòa án buộc Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long phải trả hơn 5,5 tỷ đồng gốc và phạt chậm trả theo quy định của Luật Thương mại.
Phía Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long không chấp nhận yêu cầu này của Licogi vì cho rằng, công nợ giữa hai bên cần đối chiếu nghĩa vụ khác quy định trong hợp đồng. Thứ nhất là quy định về tạm ứng và thanh toán, Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long sẽ thanh toán nốt 5% sau khi Licogi hoàn thành công việc bảo hành công trình hoặc là có bảo lãnh của ngân hàng và sau khi thanh lý hợp đồng dựa trên hồ sơ quyết toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Theo hợp đồng thì thời hạn bảo hành là 24 tháng kể từ ngày nghiệm thu bàn giao hoàn thành hạng mục thi công. Trong thời hạn bảo hành, bên Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long sẽ giữ 5% giá trị thanh toán hoặc bên Licogi được bảo lãnh của ngân hàng có uy tín cam kết bảo lãnh nghĩa vụ bảo hành cho đến khi hết thời hạn bảo hành. Thứ hai là thời hạn thực hiện hợp đồng là 70 ngày kể cả ngày lễ, ngày nghỉ. Trường hợp vi phạm tiến độ, vi phạm về chất lượng, Licogi sẽ bị phạt, mức phạt không quá 12% giá trị thiệt hại.
Trên cơ sở này, Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long đã phản tố, yêu cầu tòa án buộc Licogi trả khoản phạt 12% giá trị hợp đồng là 2,4 tỷ đồng, đồng thời có đơn đề nghị tòa án trưng cầu giám định chất lượng cọc khoan nhồi do Licogi xây dựng.
Được biết, bản án sơ thẩm đã xử chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Licogi, buộc Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long phải thanh toán 5,5 tỷ đồng gốc và 2,6 tỷ đồng lãi, tổng cộng 8,2 tỷ đồng; đồng thời, không chấp nhận yêu cầu phản tố, không chấp nhận đơn yêu cầu giám định của Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long.
Không đồng tình với bản án này, Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long đã kháng cáo toàn bộ bản án. Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long cho rằng, tòa cấp sơ thẩm bác bỏ đơn phản tố của Công ty là không chính xác.
Theo Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long, tòa cấp sơ thẩm đã không chấp nhận yêu cầu phạt Licogi vì chậm tiến độ, nhưng thực tế xác minh thì thể hiện việc chậm tiến độ lỗi là ở nguyên đơn. Licogi lý giải nguyên nhân chậm tiến độ là bất khả kháng, quá trình thi công bị dân cản trở, nhưng khi tòa án xuống phường xã để xác nhận vì sao dân cản trở thi công thì các hộ dân cho biết là do Licogi thi công không đảm bảo an toàn, vệ sinh môi trường. Việc đảm bảo an toàn, vệ sinh môi trường là nghĩa vụ của Licogi.
Licogi cho rằng, việc chậm tiến độ là vì chủ đầu tư thay đổi thiết kế, nhưng khi tòa án yêu cầu chứng minh thì Licogi không đưa ra được văn bản nào thể hiện Công ty Kiến trúc đô thị Nam Thăng Long yêu cầu nhà thầu hoãn thi công để sửa lại thiết kế.