Cáo trạng thể hiện, năm 2007, Bộ Công thương có quyết định phê duyệt quy hoạch tổng thể Trung tâm Điện lực Thái Bình, gồm Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 1 và Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2. Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) được giao làm đầu mối đầu tư Dự án Nhà máy Nhiệt điện Thái Bình 2.
Ngày 11/10/2011, PVN ký hợp đồng tổng thầu với Tổng công ty cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) thi công gói thầu EPC của dự án. Giai đoạn này, Trịnh Xuân Thanh là Chủ tịch HĐQT, còn Vũ Đức Thuận là Tổng giám đốc PVC.
Từ năm 2010 đến 2011, PVC góp vốn vào nhiều công ty con, công ty liên kết, công ty tài chính. Tổng mức đầu tư tài chính vượt gần 1.000 tỷ đồng so với vốn điều lệ dẫn đến mất cân đối dòng tiền đầu tư. Bắt đầu từ năm 2011, PVC phải trích lập dự phòng tài chính.
Trong vụ án này, bị can Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đức Thuận bị truy tố với 2 tội danh Cố ý làm trái quy định của nhà nước và Tham ô tài sản; bị can Đinh La Thăng bị truy tố với tội danh Cố ý làm trái quy định của nhà nước.
Để tạo điều kiện cho PVC, mặc dù chưa có đánh giá về năng lực, kinh nghiệm, chưa có thủ tục liên quan đến việc lựa chọn nhà thầu, nhưng ngày 18/6/2010, ông Đinh La Thăng (Chủ tịch Hội đồng thành viên PVN) đã ký Nghị quyết số 5392 đồng ý về “chủ trương giao PVC thực hiện gói thầu EPC dưới hình thức chỉ định thầu”.
Với mục đích để PVC có nguồn tiền sử dụng, Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đức Thuận đã chỉ đạo Nguyễn Duyên Hải, Phó tổng giám đốc PVC ký công văn số 641 gửi ông Đinh La Thăng báo cáo phương án và kế hoạch triển khai hợp đồng EPC. Theo đó, PVC sẽ tiến hành ngay các công việc sau khi ký hợp đồng EPC và khởi công gói thầu như đàm phán, ký kết hợp đồng tư vấn, hoàn thiện bản vẽ mặt bằng tổng thể, thiết kế và triển khai thi công.
Ngày 28/2/2011, PVC và Tổng công ty Điện lực dầu khí (PVPower) ký hợp đồng EPC số 33 khi thiết kế kỹ thuật hiệu chỉnh, tổng dự toán hiệu chỉnh, hồ sơ yêu cầu chưa thực hiện. Hồ sơ chưa hoàn thiện nên giá trị quy định trong hợp đồng tạm tính là 1,2 tỷ USD.
Trong hợp đồng có nêu hàng loạt căn cứ quyết định phê duyệt nhưng thực tế, PVPower và PVC đều không lập, không ban hành các tài liệu đó. Việc chọn nhà thầu và ký hợp đồng EPC số 33 là trái với quy định của Luật Đấu thầu, Luật Xây dựng.
Mặc dù đến ngày 11/10/2011, PVC mới chính thức là nhà thầu thực hiện hợp đồng tổng thầu và hợp đồng EPC được ký không đúng quy định, nhưng từ ngày 28/4/2011 đến 12/7/2011, PVN đã làm các thủ tục chi tạm ứng cho PVC số tiền 6,6 triệu USD và 1.312 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác định, các bị can đã sử dụng trái quy định số tiền 1.115 tỷ đồng tiền tạm ứng để đầu tư, góp vốn vào các công ty, dự án, công trình khác và trả nợ ngân hàng. Tính đến ngày 22/11/2017 mới thu hồi được 1.087 tỷ đồng. Theo kết luận giám định, các bị can đã gây thiệt hại cho Nhà nước 119,8 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, quá trình điều tra cũng làm rõ, Trịnh Xuân Thanh và các đồng phạm đã thống nhất đề ra chủ trương, chỉ đạo Lương Văn Hòa (Trưởng Ban điều hành Dự án Vũng Áng – Quảng Trạch) lập khống hồ sơ, chứng từ thi công 4 hạng mục của Dự án Vũng Áng – Quảng Trạch, chiếm hưởng 4 tỷ đồng.
Cơ quan tố tụng đánh giá, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng. Các bị can hầu hết là những người giữ vị trí chủ chốt trong những đơn vị kinh tế quan trọng, được Nhà nước giao quản lý vốn và thực hiện những dự án, công trình lớn của quốc gia. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện dự án, vì những động cơ khác nhau, các bị can đã cố ý làm trái quy định của Nhà nước, gây thiệt hại đặc biệt lớn về kinh tế. Một số bị can còn lợi dụng chức vụ, quyền hạn để lập chứng từ khống rút tiền của dự án để ăn chia, chiếm đoạt sử dụng cá nhân.
