Tổng hợp chưa đầy đủ kết quả kiểm toán năm 2013 cho thấy, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị xử lý tài chính trên 16.000 tỷ đồng, trong đó tăng thu, giảm chi trên 7.500 tỷ đồng, chiếm 46,6% tổng số kiến nghị xử lý tài chính. Qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước cũng đã kiến nghị sửa đổi, bổ sung hoặc xem xét hủy bỏ 28 văn bản của các bộ, ngành, địa phương không phù hợp với quy định hiện hành, hoặc thiếu tính khả thi.
Trong công tác đấu tranh phòng, chống tham nhũng, chống lãng phí năm 2013, cơ quan này cũng đã kiến nghị xử lý trách nhiệm đối với 21 cá nhân và nhiều tập thể có liên quan đến các sai phạm, chuyển 5 vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật sang cơ quan điều tra, thanh tra để xử lý theo quy định của pháp luật; cung cấp 13 bộ hồ sơ cho cơ quan cảnh sát điều tra và các cơ quan có thẩm quyền để điều tra, xử lý.
