Ngoài khoản nợ khó đòi lên tới 120 tỷ đồng do điều hành kinh doanh kém hiệu quả, tồn tại từ năm 2012 đến nay, nhóm cổ đông của Prosimex còn bức xúc về cách hành xử của Ban lãnh đạo Công ty liên quan đến việc khai thác hai lô đất mà Công ty trả tiền thuê đất hàng năm từ thời điểm trước cổ phần hóa.
Cụ thể, đó là lô đất và văn phòng làm việc có diện tích 8.900m2 tại địa chỉ 45/35 Khương Hạ, Khương Đình, quận Thanh Xuân, TP. Hà Nội (vốn là trụ sở chính của Công ty); lô đất 15.000m2 tại đường Hùng Vương, quận Hồng Bàng, TP. Hải Phòng. Trong đó, lô đất tại Hà Nội đang được chuyển đổi mục đích sử dụng nhằm đầu tư xây dựng nhà chung cư, nhà liền kề và văn phòng cho thuê.
Theo phản ánh của đại diện nhóm cổ đông, năm 2014, Prosimex không tiến hành họp Đại hội đồng cổ đông thường niên mà chỉ thông qua bằng hình thức văn bản. Theo đó, Ban lãnh đạo Công ty chỉ trình chủ trương xin chuyển đổi mục đích sử dụng đất liên doanh liên kết để xây dựng tòa nhà văn phòng cho thuê và xây căn hộ để bán mà không cung cấp cho cổ đông các thông tin chi tiết về dự án đầu tư.
Phủ nhận những phản ánh này, ông Đoàn Thanh Bình, Phó giám đốc Prosimex cho biết, cuộc họp Đại hội cổ đông thường niên 2014 của Công ty đã được tổ chức ngày 24/5/2014 tại khách sạn Công đoàn (Hà Nội) với sự tham dự của 61 cổ đông và người đại diện được ủy quyền, chiếm 94,64% tổng số cổ phần có quyền biểu quyết của Công ty.
Đại diện của Prosimex đã cung cấp Nghị quyết Đại hội đồng cổ đông thông qua việc lựa chọn đối tác chiến lược là CTCP Đầu tư thiết kế và xây dựng Việt Nam (Videc) vốn điều lệ 100 tỷ đồng (chi tiết năng lực, nội dung hợp tác tại tờ trình số 29/2014/TT-HĐQT ngày 12/5/2014 đính kèm)”.
Trong tờ trình trên, HĐQT Prosimex có nêu thông tin chi tiết về dự án chuyển đổi đất tại Thanh Xuân, phương án góp vốn và phân chia lợi nhuận. Cụ thể, Prosimex được nhận khoản lợi nhuận tối thiểu là 75 tỷ đồng và 500-1.000 m2 văn phòng. Videc ứng trước lợi nhuận trong năm 2014 thanh toán trả nợ cho ngân hàng để giải chấp tài sản đảm bảo, số tiền là 45 tỷ đồng, trả tiền thuê đất còn nợ từ năm 2011 - 2014 số tiền 7 tỷ đồng, chi phí thuê văn phòng, hỗ trợ người lao động sau khi cơ cấu lại công ty số tiền 5 tỷ đồng (tổng cộng 57 tỷ đồng)…
Về hình thức hợp tác, Videc là đại diện các bên trước pháp luật và giữ vai trò chủ đầu tư thực hiện dự án cụ thể.
Căn cứ vào nghị quyết ĐHCĐ này, HĐQT Prosimex sau đó đã ra nghị quyết ủy quyền cho Tổng giám đốc đàm phán triển khai ký kết hợp đồng liên kết đầu tư với Videc. Hiện hợp tác giữa hai bên đang thực hiện theo hình thức liên danh, Prosimex chưa chuyển nhượng dự án trên cho Videc.
Nhằm tìm ra một hướng xử lý cho những lùm xùm kéo dài bấy lâu nay, nhóm cổ đông trên đã có cuộc gặp gỡ, trao đổi với ông Trần Quốc Phương, Thành viên HĐQT kiêm Tổng giám đốc Prosimex và đưa ra yêu cầu về việc Công ty mua lại cổ phần. Nhóm cổ đông yêu cầu công ty mua lại 163.991 cổ phần, với giá 80.000 đồng/cổ phiếu.
56,6% vốn nhà nước tại Prosimex đã được Bộ Công Thương chuyển giao về Tổng công ty Đầu tư kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC). Năm 2013, SCIC đã thoái toàn bộ số cổ phần này cho các nhà đầu tư khác. Trong cơ cấu cổ đông của Prosimex hiện nay có 4 cá nhân sở hữu trên 80% cổ phần của Công ty, trong đó có Chủ tịch Công ty Lữ Văn Sơn và Tổng giám đốc Trần Quốc Phương.