Thông tư nêu rõ: Thời điểm tính TXNK là ngày đăng ký Tờ khai hải quan. TXNK được tính theo thuế suất, trị giá tính thuế và tỷ giá tính thuế tại thời điểm tính thuế. Trường hợp người nộp thuế khai báo điện tử thì thời điểm tính thuế thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan điện tử.
Thời hạn nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu là 30 ngày, kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan. Đối với hàng hóa nhập khẩu là hàng tiêu dùng trong Danh mục hàng hóa do Bộ Thương mại công bố thì phải nộp xong thuế trước khi nhận hàng. Trong một số trường hợp có thể được chậm nộp thuế như khi có bảo lãnh về số tiền phải nộp thuế, nhưng thời hạn bảo lãnh không quá 30 ngày. Nếu hàng hóa nhập khẩu là vật tư, nguyên liệu để trực tiếp sản xuất hàng xuất khẩu thì thời hạn nộp thuế là 275 ngày, kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan.
Thông tư quy định hàng hóa được miễn TXNK khi: Hàng hóa tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập để tham dự hội chợ, triển lãm, thi đấu thể thao... trong thời hạn 90 ngày; hàng hóa là tài sản di chuyển của tổ chức, cá nhân nước ngoài khi được phép vào cư trú, làm việc tại Việt Nam theo giấy mời của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc chuyển ra nước ngoài khi hết thời hạn cư trú tại Việt Nam (riêng ô tô, xe máy đang sử dụng của cá nhân, gia đình mang vào Việt Nam khi được phép định cư tại Việt Nam chỉ được miễn thuế nhập khẩu mỗi thứ 1 chiếc cho mỗi hộ gia đình); hàng hóa nhập khẩu để gia công cho phía nước ngoài theo hợp đồng sẽ được miễn thuế nhập khẩu và khi xuất trả sản phẩm sẽ được miễn thuế xuất khẩu.
Theo Thông tư này, một số trường hợp sẽ được xét hoàn thuế khi hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhưng còn lưu kho bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, được tái xuất ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; nguyên liệu vật tư nhập khẩu để trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất hàng xuất khẩu... Cơ quan có thẩm quyền sau khi đã kiểm tra xác định đối tượng hoàn thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn 60 ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế.
Các trường hợp đã được miễn thuế, xét miễn thuế theo quy định, nhưng sau đó hàng hóa sử dụng vào mục đích khác với mục đích đã được xét miễn, giảm thuế thì phải nộp đủ thuế theo quy định. Trường hợp phát hiện có sự gian lận, trốn thuế thì phải truy thu tiền thuế trong thời hạn 5 năm trở về trước, kể từ ngày kiểm tra phát hiện.
