Tính đến thời điểm này, đã có một số cơ quan, tổ chức áp dụng hóa đơn điện tử và được cơ quan thuế chấp nhận. Đơn cử như Trung tâm Tín dụng Ngân hàng Nhà nước, Sở Giao dịch chứng khoán Hà Nội, VNPT Hồ Chí Minh, Vinaphone, VNPT Hà Nội, Hải Phòng, Đà Nẵng và VNPT một số tỉnh, thành phố đang tiến hành triển khai và sử dụng hóa đơn điện tử và dự kiến hết năm 2015 sẽ triển khai tại toàn bộ 63 tỉnh thành phố trên toàn quốc. Công ty VDC cũng đã phát hành hóa đơn điện tử từ tháng 4/2013.
Với các doanh nghiệp, có nhiều vấn đề họ quan tâm khi áp dụng hóa đơn điện tử như hành lang pháp lý, tính an toàn, bảo mật, sự chấp nhận rộng rãi của các đối tác, cơ quan có liên quan… Theo ông Nguyễn Văn Phụng, Vụ trưởng Vụ Chính sách thuế Bộ Tài chính, cơ sở pháp lý để chấp nhận hóa đơn điện tử đã có. Cụ thể, Luật Giao dịch điện tử quy định, chứng từ điện tử có tính pháp lý như chứng từ giấy.
Luật Kế toán cũng quy định chứng từ điện tử được chấp nhận như chứng từ giấy. Nghị định 51/2010/NĐ-CP cũng quy định 3 loại hóa đơn gồm tự in, đặt in và hóa đơn điện tử. Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính cũng quy định rõ mối quan hệ giữa người nộp thuế và cơ quan thuế, giữa người nộp thuế với nhau bằng hóa đơn điện tử. Hiện cơ quan thuế đang tổng kết giai đoạn thí điểm để có cơ sở triển khai rộng rãi trên toàn quốc.
Về lâu dài, theo ông Phụng, Việt Nam bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử, bởi đây là công cụ đã được sử dụng phổ biến trên thế giới, nhất là khi Việt Nam đang đẩy mạnh cải cách trong lĩnh vực thuế.
Để hóa đơn điện tử được chấp nhận và trở thành phổ biến, theo ông Phụng, cần đảm bảo bốn yếu tố sau:
Thứ nhất, cần tăng cường tính pháp lý cho hóa đơn điện tử. Hiện Bộ Tài chính đang xem xét sửa Thông tư hướng dẫn thi hành Luật Giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính, trong đó tạo cơ sở pháp lý chắc chắn hơn cho hóa đơn điện tử, để phù hợp với thực tế và những năm tới đây. Trong trường hợp cần thiết, ông Phụng cho biết, Bộ Tài chính có thể ban hành hẳn một thông tư riêng về sử dụng hóa đơn điện tử.
Thứ hai, về hạ tầng kỹ thuật, Cục Công nghệ thông tin của Tổng cục Thuế hiện có 150 người, tới đây có thể tăng lên gấp đôi, gấp ba. Ngành thuế sẽ xây dựng hạ tầng kỹ thuật, đầu tư mạnh để triển khai áp dụng công nghệ thông tin mạnh mẽ, giảm số lượng cán bộ trực tiếp thu thuế ở các nơi. Kinh phí cho các dự án hiện đại hóa công nghệ ngành thuế đã có, từ Nhà nước và sự tài trợ của các tổ chức nước ngoài.
Thứ ba, sự phối hợp của các nhà cung cấp dịch vụ. Hiện đã có nhiều doanh nghiệp, cơ quan phối hợp với Tổng cục Thuế để cung cấp giải pháp cho hóa đơn điện tử. Đơn cử như Công ty Điện toán và truyền số liệu VDC (trực thuộc VNPT) đã triển khai giải pháp hóa đơn điện tử VNPT-Invoice. Giải pháp này đã được nhiều đơn vị, doanh nghiệp thuộc VNPT, hàng không sử dụng và cho nhận xét tốt.
Thứ tư là tính tiện lợi của bản thân hóa đơn điện tử, cho phép đơn vị sử dụng giảm thiểu tối đa chi phí bảo quản, lưu trữ, đáp ứng tính an toàn, nhanh chóng trong tra cứu và minh bạch trong quản lý tài chính.
Theo ông Nguyễn Hồng Hải, Phó tổng giám đốc VDC, với những doanh nghiệp mỗi tháng, mỗi năm phải in cả triệu hóa đơn thì hóa đơn điện tử là giải pháp tối ưu giúp DN tiết giảm chi phí, nâng cao hiệu quả hoạt động. Thực tế triển khai thời gian qua của VDC cho thấy, cũng có nhiều khó khăn trong áp dụng hóa đơn điện tử, trong đó, quan trọng nhất là việc doanh nghiệp chấp nhận sử dụng và thay đổi để thích ứng với nó.
Một đơn vị có hệ thống sổ sách đầy đủ, quy trình rõ ràng, thời gian để triển khai hóa đơn điện tử có thể ngắn hơn những đơn vị chưa có quy trình chuẩn. Ông Hải lấy ví dụ, VNPT HCM mất khoảng 6 tháng để chỉnh sửa, lắp đặt hệ thống, đào tạo đội ngũ với khoảng 400 nhân sự sử dụng hóa đơn điện tử. Hiện hệ thống vận hành tốt, việc thu cước đơn giản, doanh nghiệp cũng tối giản được rất nhiều chi phí in ấn, lưu trữ hóa đơn, giấy tờ…
Đại diện Tổng cục Thuế cho biết, đến hết tháng 10/2014, 100% DN sẽ áp dụng kê khai thuế qua mạng. Đây là cơ sở để doanh nghiệp nhanh chóng đẩy mạnh ứng dụng hóa đơn điện tử trong thời gian tới.