Với nhà đầu tư là tổ chức, nếu là tổ chức trong nước thì được tính theo thuế thu nhập doanh nghiệp. Còn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với tổ chức nước ngoài được áp dụng với thuế suất 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần khi phát sinh giao dịch mua, bán và đáo hạn hợp đồng tương lai.
Tuy nhiên, theo hướng dẫn chi tiết của Bộ Tài chính gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố và Sở Giao dịch chứng khoán Hà Nội (HNX), thì giá chuyển nhượng chứng khoán từng lần được xác định bằng Giá thanh toán của hợp đồng tương lai tại thời điểm xác định thu nhập tính thuế nhân (x) Hệ số nhân hợp đồng x Số lượng hợp đồng x Tỷ lệ ký quỹ ban đầu chia (:) 2.
Thời điểm xác định thu nhập tính thuế là thời điểm khớp lệnh mua/bán hợp đồng tương lai của nhà đầu tư trên hệ thống giao dịch của HNX, hoặc thời điểm hợp đồng tương lai đáo hạn.
Hướng dẫn cụ thể, Bộ Tài chính nêu ví dụ: Hợp đồng tương lai chỉ số cổ phiếu VN30F1708 được xây dựng có hệ số nhân là 100.000 đồng. Tỷ lệ ký quỹ ban đầu là 10%. Lúc 9h ngày 16/8/2017, nhà đầu tư A khớp lệnh mua 10 hợp đồng với giá 750 điểm chỉ số. Như vậy, số thuế nhà đầu tư A phải nộp là: 750 x 100.000 x 10 x 10%/2 x 0,1% = 37.500 đồng.
Ngoài khoản thuế trên, trong giai đoạn đầu khai trương thị trường chứng khoán phái sinh, HNX miễn phí giao dịch sản phẩm này cho các công ty chứng khoán trong thời gian 6 tháng kể từ ngày 10/8/2017. Theo đó, nhiều nhiều công ty chứng khoán áp dụng chính sách ưu đãi phí giao dịch cho nhà đầu tư.