Nguyên nhân của sự chênh lệch này là do HBC đã ghi nhận không đúng doanh số nội bộ và ghi thiếu các khoản chi phí.
Doanh thu thuần ghi nhận giảm 54 tỷ đồng chủ yếu do phần doanh số nội bộ đã bị loại trừ 49,65 tỷ đồng, trong khi giá vốn nội bộ được loại trừ chỉ là 40,79 tỷ đồng. Vì vậy, khoản chênh hơn 9 tỷ đồng không được hạch toán vào lợi nhuận gộp, khiến khoản này giảm xuống còn 312,8 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, chi phí quản lý doanh nghiệp sau kiểm toán tăng 15,4 tỷ đồng vì phải trích lập dự phòng 20,2 tỷ đồng khoản phải thu khó đòi và dự phòng trợ cấp mất việc 1,3 tỷ đồng. Chi phí khác cũng tăng 4,65 tỷ đồng do phần chênh lệch khấu hao thanh lý.
Ngoài ra, cũng cần phải lưu ý thêm rằng, trên bảng cân đối kế toán tại Báo cáo kiểm toán hợp nhất của HBC hiện thiếu phần Tài sản, phần thuyết minh cũng chưa thực sự đầy đủ khi thiếu thuyết minh từ số 5 đến số 32.
Tính đến 31/12/2013, HBC có khoản phải thu lên đến 3.011 tỷ đồng, chiếm hơn 63% tổng tài sản, trong đó các khoản phải thu ngắn hạn từ khách hàng và theo hợp đồng xây dựng là 2.592 tỷ đồng. Như vậy, vấn đề thu hồi các khoản phải thu của HBC đang ở trong tình trạng rất nan giải.