Ngoài ra, có 10 bị cáo khác giữ vai trò đồng phạm.
Quá trình xét xử đã làm rõ, Công ty xăng dầu Phát được thành lập từ năm 2003. Sau nhiều lần thay đổi, Công ty bổ nhiệm Nguyễn Xuân Bảy (SN 1950) làm Giám đốc; Nguyễn Thị Loan (SN 1989) làm Kế toán trưởng; thuê Lương Văn Giao (SN 1991) và một số người khác làm nhân viên công ty.
Từ tháng 3/2014 đến tháng 8/2020, Ngô Văn Phát đã chỉ đạo Bảy, Loan và Giao trực tiếp đứng ra thành lập, tuyển, thuê người đứng tên 22 doanh nghiệp “ma” để bán hóa đơn GTGT nhằm chiếm đoạt tiền thuế. Các doanh nghiệp này đăng ký địa bàn huyện Thủy Nguyên, Hải An, An Dương, Hồng Bàng, Ngô Quyền.
Để tránh sự phát hiện của cơ quan chức năng, Ngô Xuân Phát đã chỉ đạo 3 người trên tuyển người, thuê người đứng tên giám đốc các công ty trên, phân công nhiệm vụ cụ thể cho từng người bán hóa đơn trái phép.
Theo phân công, Bảy được giao nhiệm vụ quán xuyến, chỉ đạo chung, phân công cho các đối tượng thành lập các công ty không có hoạt động sản xuất kinh doanh nhằm mục đích bán trái phép hóa đơn GTGT cho khách hàng. Loan được giao điều hành các nhân viên tại văn phòng, quản lý công nợ tiền bán hóa đơn GTGT của các công ty “ma”, trực tiếp giao dịch với khách hàng, phân công người viết hóa đơn GTGT khống, thu tiền. Còn Giao trực tiếp đứng tên, thuê một số người làm giám đốc, ký khống các hợp đồng, hóa đơn, chứng từ khác…
Quá trình hoạt động, các bị cáo đã bán tổng số 25.125 hóa đơn GTGT với doanh số hàng hóa ghi khống lên đến 17.611 tỷ đồng. Những hóa đơn khống bán ra có giá từ 1- 1,5% tổng số tiền được ghi khống trong hợp đồng mua bán hàng “ma”. Các bị cáo đã viết hóa đơn GTGT khống cho tất cả các loại hàng hóa từ xăng dầu, vật liệu san lấp, vật liệu xây dựng… Tổng số tiền nhóm của Phát chiếm đoạt là hơn 173 tỷ đồng tiền thuế GTGT.
Trong số tiền chiếm đoạt, Ngô Văn Phát thu lời bất chính hơn 161 tỷ đồng, Bảy thu 900 triệu đồng, Loan thu giữ 693 triệu đồng, Giao thu 460 triệu đồng...
Ngoài ra, Ngô Văn Phát và Bảy còn chỉ đạo các bị cáo khác xuất hóa đơn khống Công ty xăng dầu Phát để hợp thức hóa cho số dầu mua trôi nổi trên thị trường. Doanh số trước thuế ghi khống là hơn 279 tỷ đồng, số thuế GTGT là gần 28 tỷ đồng.
Ngô Văn Phát còn bán hóa đơn khống cho Trần Thị Phúc (trú tại thị xã Từ Sơn, Bắc Ninh) - là chủ hai công ty ở Bắc Ninh, sau đó Phúc đem hóa đơn bán lại cho một số công ty trên địa bàn các tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang để hưởng chênh lệch từ 1,5 - 2% số tiền ghi trên hóa đơn GTGT.
Tòa án nhận định, Ngô Văn Phát là người chủ mưu, cầm đầu nên phạt bị cáo mức án 24 tháng tù, buộc bị cáo phải nộp lại số tiền thu lời bất chính.
Các bị cáo Bảy và Loan bị xử phạt 20 tháng tù; Giao 18 tháng tù. Hai bị cáo khác lĩnh án 12 tháng tù còn những người khác bị phạt tiền.
Tòa án cũng cho rằng việc bị cáo Phát sử dụng hóa đơn GTGT từ các doanh nghiệp “ma” để hợp thức hóa số lượng xăng dầu cho chính Công ty xăng dầu Phát nhằm trốn thuế, hành vi này có dấu hiệu vi phạm tội Trốn thuế. Tuy nhiên, do bị cáo đã chịu tình tiết định khung về tội “mua bán hóa đơn trái phép” nên không bị xem xét trách nhiệm hình sự tội trốn thuế.