Mặc dù được triệu tập hợp lệ nhưng tại phiên tòa phúc thẩm đầu tháng 3/2016, đại diện của bị đơn là Công ty TNHH Duy Nghĩa tiếp tục vắng mặt lần thứ hai. Việc vắng mặt này thể hiện bị đơn tự ý từ bỏ quyền lợi của mình. Công ty TNHH một thành viên Đầu tư Việt Hà cũng rút đơn kháng cáo. Do đó, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân TP. Hà Nội đã quyết định đình chỉ xét xử kháng cáo và bản án sơ thẩm đương nhiên phát sinh hiệu lực.
Hạ màn tranh chấp, Công ty Duy Nghĩa phải tháo dời vật tư, trang thiết bị, tài sản và bàn giao căn nhà trên cho Công ty Việt Hà.
Trước đó, tại cấp sơ thẩm, cả hai bên nguyên đơn và bị đơn đều tranh cãi “nảy lửa” và đồng loạt kháng án để bảo vệ quyền lợi. Tuy nhiên đến phút chót, cả hai đã lựa chọn kết thúc khá lặng lẽ.
Căn nhà số 96 phố Hàng Trống vốn thuộc sở hữu của Nhà nước và được Xí nghiệp Mỹ phẩm Hà Nội, tiền thân của Công ty Việt Hà ký hợp đồng thuê lại từ năm 1985 với diện tích 155m2. Quá trình sử dụng, Xí nghiệp đã cải tạo thành căn nhà 4 tầng trên khuôn viên 261,8m2. Kể từ thời điểm đó, Xí nghiệp Mỹ phẩm Hà Nội đã ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty Duy Nghĩa.
Bản hợp đồng thể hiện hai bên thống nhất lập cửa hàng chung kinh doanh các mặt hàng vải lụa tơ tằm, thủ công mỹ nghệ... Xí nghiệp Mỹ phẩm Hà Nội đã đưa toàn bộ nhà đất số 96 phố Hàng Trống góp vốn cho Công ty Duy Nghĩa với giá trị thuê nhà là 1,5 tỷ đồng. Công ty Duy Nghĩa ký hợp đồng đầu tư sửa chữa, cải tạo nhà với số vốn 2 tỷ đồng. Theo thỏa thuận, Công ty Việt Hà được nhận số tiền hơn 2,6 tỷ đồng. Hai bên thống nhất thời hạn hợp đồng kéo dài 10 năm (năm 2001 – 2011).
Năm 2002, Xí nghiệp Mỹ phẩm Hà Nội sáp nhập với Công ty Bia Việt Hà và bàn giao toàn bộ tài sản trong đó có căn nhà số 96 phố Hàng Trống. Do thời hạn hợp đồng vẫn còn, Công ty Bia Việt Hà tiếp tục kế thừa thực hiện hợp đồng để Công ty Duy Nghĩa sử dụng nhà.
Trong năm đó, UBND TP. Hà Nội có quyết định đổi tên Công ty Bia Việt Hà thành Công ty Sản xuất kinh doanh và Đầu tư Việt Hà. Năm 2005, Công ty tiếp tục chuyển tổ chức theo mô hình công ty mẹ – con. Đến năm 2007, đổi tên công ty mẹ thành Công ty TNHH một thành viên Đầu tư Việt Hà thuộc UBND TP. Hà Nội. Đến khi hợp đồng hết hạn, Công ty Duy Nghĩa vi phạm cam kết, không bàn giao nhà nên Công ty Việt Hà khởi kiện ra tòa.
Ở cấp sơ thẩm, phía bị đơn viện dẫn, thời điểm nhận hợp đồng, tình trạng căn nhà số 96 phố Hàng Trống đã cũ nát. Công ty phải bỏ tiền đầu tư xây dựng, cải tạo thành nhà 4 tầng. Tháng 5/2010, Công ty Việt Hà đặt vấn đề thanh lý hợp đồng nhưng bị đơn đề nghị kéo dài thời gian để sắp xếp hoạt động kinh doanh.
Trùng thời điểm này, UBND TP. Hà Nội phê duyệt phương án sắp xếp, xử lý cơ sở nhà đất thuộc quản lý của nhà nước. Căn nhà số 96 phố Hàng Trống thuộc diện thu hồi, bán tài sản trên đất và chuyển quyền sử dụng đất.
Lý giải về việc không đồng ý trả lại nhà, bị đơn cho rằng Hợp đồng hợp tác kinh tế năm 2001 không còn hiệu lực. Công ty Việt Hà không có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan nên không đủ tư cách khởi kiện và quyền quản lý căn nhà trên thuộc Công ty TNHH một thành viên Quản lý và Phát triển Nhà Hà Nội.
Bên có quyền và nghĩa vụ liên quan là Công ty TNHH một thành viên Quản lý và Phát triển Nhà Hà Nội cũng cho rằng, việc ký kết hợp tác kinh doanh là vi phạm hợp đồng thuê nhà, đồng thời đề nghị giải quyết thẩm quyền.
Bản án sơ thẩm của Tòa án nhân dân quận Hoàn Kiếm đã tuyên bố Hợp đồng hợp tác kinh doanh giữa hai công ty là vô hiệu, buộc Công ty Duy Nghĩa bàn giao nhà, đất cho Công ty Việt Hà quản lý. Khi bàn giao, bị đơn phải tháo dỡ trang vật tư, thiết bị nội thất, tài sản...
Ngoài ra, bản án còn tuyên buộc nguyên đơn là Công ty Việt Hà phải sung công quỹ nhà nước số tiền 326 triệu đồng.
Sau phiên tòa sơ thẩm, cả bị đơn và nguyên đơn đều chống án. Công ty Duy Nghĩa cho rằng bản án sơ thẩm đã không xem xét đến quyền lợi của bị đơn và đề nghị hủy bản án sơ thẩm. Tuy nhiên, đến khi Tòa án nhân dân TP. Hà Nội mở phiên tòa xem xét, bị đơn đã liên tiếp vắng mặt không rõ lý do.