Cụ thể, Hiệp định thương mại tự do chính là toàn bộ nội dung EVFTA hiện nay nhưng riêng phần đầu tư chỉ bao gồm tự do hoá đầu tư trực tiếp nước ngoài. Hiệp định này sẽ thuộc thẩm quyền ký kết của Uỷ ban châu Âu (EC) và thẩm quyền phê duyệt của Nghị viên châu Âu (EP).
Với Hiệp định bảo hộ đầu tư (IP - bao gồm nội dung bảo hộ đầu tư và giải quyết tranh chấp đầu tư), sẽ phải được sự phê chuẩn của cả EP và Nghị viện các nước thành viên.
Hiện nay hai bên đang tích cực thảo luận các vấn đề kỹ thuật của việc tách EVFTA thành 2 Hiệp định, dự kiến sẽ hoàn thành trong tháng 1/2018 để bắt tay vào dịch thuật, chuẩn bị cho việc ký chính thức.
Trước đó, ngày 16/5/2017, Toà án Công lý châu Âu đã có ý kiến chính thức liên quan đến thẩm quyền các FTA của EU. Theo đó, các nội dung về đầu tư gián tiếp và cơ chế ISDS sẽ thuộc thẩm quyền quyết định của cả cấp EU và cấp quốc gia các nước thành viên, tức là nội dung này phải được cả EU và các quốc gia thành viên đồng ý mới có hiệu lực.
Do đó, để sớm ký kết và đưa EVFTA vào thực thi, cuối tháng 9/2017, EU đã chính thức đề xuất với Việt Nam việc tách riêng nội dung bảo hộ đầu tư ra khỏi EVFTA.