Chủ mưu được xác định là Phùng Ngọc Khánh (Phó Chủ tịch HĐQT Công ty Sài Gòn One, đồng thời là Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc Công ty M&C).
Ngoài ra, có một số cựu lãnh đạo, cán bộ GPBank như Tạ Bá Long (cựu Chủ tịch HĐQT GPBank), Phạm Quyết Thắng (Tổng giám đốc GPBank)…
Theo cáo trạng, Công ty Sài Gòn One là chủ đầu tư dự án cao ốc Sài Gòn M&C tại quận 1, TPHCM, diện tích 6.672,2m2. Sau khi thay đổi quy hoạch, dự án có 180 căn, gồm 131 căn hộ để bán, còn lại là các căn cho thuê. Dự án được chuyển mục đích sử dụng đất từ thuê đất sang giao đất. Tuy nhiên chủ đầu tư chưa thực hiện thủ tục chuyển đổi mục đích sử dụng. Các căn hộ chưa được phép chuyển nhượng, mua bán.
Tuy nhiên, Phùng Ngọc Khánh vẫn bàn bạc với Nguyễn Trọng Hiếu, cựu Chủ tịch HĐQT Công ty Điện lực Sài Gòn và Kim Văn Bộ, Phó giám đốc Công ty Điện lực Sài Gòn lập khống hợp đồng mua bán 6 căn hộ, nâng khống giá trị cổ phần của Công ty M&C làm tài sản thế chấp để vay vốn GPBank số tiền 305 tỷ đồng.
Để thực hiện hành vi trên, vào ngày 16/11/2009, Công ty Sài Gòn One đã ký nghị quyết, cho phép cổ đông hiện hữu của Công ty được mua 9.000 m2 sàn căn hộ với giá ưu đãi 3.000 USD/m2 quyền kinh doanh diện tích sàn để tăng vốn điều lệ. Trong đó Công ty M&C được quyền mua 4.410 m2.
Ngày 1/3/2010, Phùng Ngọc Khánh chỉ đạo Phạm Thanh Dũng (Tổng giám đốc Công ty Sài Gòn One) ký hợp đồng phân chia sản phẩm sàn căn hộ hình thành từ căn hộ và chuyển giao quyền chuyển nhượng, bán sản phẩm sàn căn hộ từ Công ty Sài Gòn One cho Công ty M&C. Các bên ký tiếp phụ lục hợp đồng điều chỉnh vị trí phân chia sàn căn hộ.
Do Nguyễn Trọng Hiếu có mối quan hệ với các tổ chức tín dụng nên Khánh đã nhờ Hiếu thế chấp các căn hộ tại dự án để thế chấp vay tiền. Khánh hứa hẹn sẽ trích lại 15 - 20% giá trị khoản vay cho Hiếu.
Khoảng đầu tháng 8/2011, Hiếu đã gặp các lãnh đạo GPBank để đặt vấn đề. Khi đó, dự án này đã được thế chấp tại 2 ngân hàng khác nên không đủ điều kiện vay. Cán bộ GPBank đã đề xuất phương án, Công ty M&C cần làm thủ tục bán cho đơn vị khác rồi sử dụng hồ sơ mua bán này để bên mua đứng ra vay vốn.
Thực hiện kế hoạch trên, Khánh ký hợp đồng khống mua bán 6 căn hộ của Công ty M&C với Công ty Điện lực Sài Gòn do Hiếu làm chủ. Để hợp thức hồ sơ vay, Hiếu chỉ đạo HĐQT công ty ký các biên bản, thủ tục hồ sơ giấy tờ, báo cáo tài chính khống các năm 2010, 2011, hợp đồng mua bán khống 6 căn hộ trị giá 477 tỷ đồng, lập khống giấy xác nhận Công ty Điện lực Sài Gòn đã thanh toán đợt 1 số tiền 125 tỷ đồng.
Ngày 11/9/2011, Công ty Điện lực Sài Gòn gửi hồ sơ vay vốn với tài sản đảm bảo gồm 6 căn hộ và 40.000 cổ phần của Công ty M&C thuộc quyền sở hữu của Phùng Ngọc Khánh và 215.000 cổ phần của Công ty M&C thuộc quyền sở hữu của Công ty Khải Minh.
Ngày 24/9/2011 và ngày 29/92011, GPBank đã giải ngân số tiền 305 tỷ đồng vào tài khoản Công ty Điện lực Sài Gòn. Sau đó, Kim Văn Bộ chuyển khoản toàn bộ số tiền này sang Công ty M&C. Phùng Ngọc Khánh đã rút tiền để sử dụng và trích 101 tỷ đồng để chi hoa hồng, trả lãi…
Hiện nay Công ty M&C mới thanh toán một phần lãi, tính đến ngày 24/8/2020, hiện còn dư nợ là 961 tỷ đồng gồm 305 tỷ đồng nợ gốc và lãi quá hạn.
Cơ quan tố tụng xác định, các bị cáo Phùng Ngọc Khánh, Nguyễn Trọng Hiếu và Kim Văn Bộ đã chiếm đoạt số tiền 290 tỷ đồng. Còn các cựu lãnh đạo, cán bộ GPBank không thực hiện đúng việc kiểm tra, thẩm định hồ sơ, vi phạm quy định về cho vay.
Năm 2017, Tạ Bá Long bị tòa tuyên án 5 năm tù về tội cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng trong vụ Ngân hàng TMCP Dầu khí Toàn Cầu (GPBank) bị thiệt hại gần 4.800 tỷ đồng.
