Dafco hoạt động dưới mô hình công ty cổ phần từ tháng 7/2005. Công ty có vốn điều lệ 9,2 tỷ đồng, trong đó vốn Nhà nước chiếm 45%, tương đương 4,14 tỷ đồng. Đại diện phần vốn nhà nước lúc đầu là ông Vũ Thế Lợi, Chủ tịch HĐQT kiêm Giám đốc Dafco, người do Bộ Thương mại (nay là Bộ Công thương) cử xuống
Ngày 20/9/2006, ông Lợi cùng một thành viên HĐQT là ông Nguyễn Văn Hưng đã bị cơ quan Cảnh sát điều tra TP. Hà Nội khởi tố về tội tham ô tài sản. Trong khi thu nhập của 3.500 công nhân còn rất khó khăn, thì ông Hưng cùng ông Lợi đã cấu kết tham ô hàng trăm triệu đồng, chia chác cho các cán bộ lãnh đạo và HĐQT. Một số cán bộ lãnh đạo Dafco còn được hưởng lương 2 lần và thưởng tết hàng chục triệu đồng. Đó là những nguyên nhân chính khiến công nhân tiến hành đình công tự phát vào cuối năm 2006.
Trước thực trạng này, Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước (SCIC) - đơn vị nhận chuyển giao vốn nhà nước tại Dafco từ Bộ Thương mại) đã quyết định thay người đại diện phần vốn nhà nước bằng ông Đoàn Nhật Dũng. Ngày 20/1/2007, SCIC phối hợp với Dafco tổ chức ĐHCĐ. Qua đó, ĐHCĐ đã bãi miễn một số thành viên HĐQT, Ban kiểm soát và bầu HĐQT mới với 3 thành viên: ông Hồng Anh, ông Nhật Dũng và ông Anh Đào, cùng Ban Kiểm soát mới. Trong ĐHCĐ này, SCIC cũng đã thông qua phương án thoái đầu tư vốn tại Dafco dưới hình thức SCIC được quyết định thời gian và giá bán cổ phần.
Sau đó, tháng 6/2007, SCIC ký hợp đồng chuyển nhượng toàn bộ 45% cổ phần cho phía Đài Loan (đối tác thuê Giày Đông Anh gia công) là Công ty Jim.
SCIC đã làm công văn đề nghị Chủ tịch HĐQT Dafco Nguyễn Hồng Anh làm thủ tục chuyển tên cổ đông cho Jim. Tuy nhiên, ông Hồng Anh không thực hiện các thủ tục sang tên, nên SCIC tiếp tục đại diện số vốn đó tại Dafco. Từ đây, mâu thuẫn giữa các cổ đông trở nên gay gắt. Ông Hồng Anh gửi đơn khiếu nại khắp nơi cho rằng, việc bán phần vốn nhà nước của SCIC phải qua trung gian tài chính, tổ chức bán đấu giá hoặc bán tiếp cho các cổ đông và người lao động.
Nhưng theo giải trình của SCIC, việc thoái vốn của Tổng công ty thực hiện theo đúng thẩm quyền được Chính phủ phê duyệt đối với hoạt động đầu tư và kinh doanh vốn nhà nước. SCIC có thể chủ động quyết định bán phần vốn này theo nguyên tắc hiệu quả và bảo đảm sự phát triển của doanh nghiệp.
Cũng theo giải trình này, lý do để SCIC bán dưới hình thức thoả thuận vì hợp đồng bán đạt được cam kết của Công ty Jim bảo đảm thực hiện các quyền lợi dành cho người lao động và cam kết giữ ổn định cơ cấu ban lãnh đạo doanh nghiệp trong thời gian dài. Ngoài ra, giá bán 140.000 đồng/CP trên mệnh giá 100.000 đồng/CP cũng là khá cao tại thời điểm bán.
Năm 2007, Dafco phải tổ chức ĐHCĐ 3 lần. Tại ĐHCĐ lần 3, đại diện SCIC bị ngăn cản, không cho tham dự đại hội. Đại hội này đã quyết định: miễn nhiệm chức danh thành viên HĐQT của ông Đoàn Nhật Dũng và ông Nguyễn Anh Đào; SCIC muốn thoái vốn thì trước hết phải bán số cổ phần trên cho các cổ đông sáng lập, nếu bán không hết thì số cổ phần còn lại sẽ được bán tiếp cho người lao động, trường hợp người lao động mua không hết thì bán đấu giá.
SCIC sau đó đã kiện ra tòa án, đề nghị hủy kết quả ĐHCĐ nêu trên do đại hội được tổ chức không hợp lệ. Tòa án ra phán quyết: hủy các quyết nghị ĐHCĐ lần 3 của Dafco và yêu cầu tổ chức lại.
Vậy nhưng, các năm sau đó, Dafco không tổ chức ĐHCĐ. Đáng chú ý, báo cáo tài chính bị kiểm toán ngoại trừ nhiều hạng mục, cổ đông không được chất vấn ban lãnh đạo và nhận thông tin về hoạt động doanh nghiệp. Mãi gần đây, sau khi có sự thúc giục của cổ đông lớn và các cơ quan chức năng, Ban lãnh đạo Dafco mới tổ chức ĐHCĐ trở lại. Năm 2014, tại đại hội lần 1 của Dafco, cổ đông lớn là SCIC tiếp tục không được chấp nhận tham dự với lý do giấy ủy quyền không hợp lệ. SCIC đã có công văn cử người đại diện tham dự đại hội, nhưng phía lãnh đạo Dafco cho rằng, người đại diện của SCIC phải có giấy ủy quyền theo mẫu của Dafco. Trong khi đó, SCIC không nhận được mẫu giấy ủy quyền này.
ĐHCĐ 2014 lần 1 của Dafco bất thành, sau đó Công ty lần lữa tổ chức đại hội lần 2. Một lần nữa, dưới sự thúc giục quyết liệt của SCIC, ĐHCĐ mới được tổ chức. Tại đại hội này, nhóm ông Hồng Anh (chiếm gần 20% tỷ lệ cổ phần) đưa được 1 ứng viên vào HĐQT nhiệm kỳ mới. Ông Hồng Anh không còn là Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty. Người đại diện của SCIC được bầu vào vị trí Chủ tịch Công ty nhiệm kỳ mới. Sóng gió tạm lắng tại Dafco, song nhiều cổ đông nhỏ lẻ tại doanh nghiệp này vẫn chưa yên tâm, bởi họ lo “sóng ngầm” đang âm ỉ và sẽ bùng phát trở lại bất cứ lúc nào.
