Theo Thông tư số 27/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính và Quyết định 306/QĐ-UBCK của Ủy ban Chứng khoán Nhà Nước quy định về mức thu, chế độ thu nộp, quản lý và sử dụng phí hoạt động chứng khoán tại Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam (VSD), các nhà đầu tư (tổ chức hoặc cá nhân) có cổ phiếu, trái phiếu lưu ký tại VSD phải đóng phí lưu ký cho VSD như sau: phí lưu ký cổ phiếu, chứng chỉ quỹ: 0,5 đồng/cổ phiếu, chứng chỉ quỹ/tháng; phí lưu ký trái phiếu: 0,2 đồng/trái phiếu/tháng.
Trước đây, khi thị trường sôi động, các CTCK thường hỗ trợ thanh toán toàn bộ khoản phí lưu ký cho khách hàng mở tài khoản giao dịch chứng khoán cho VSD. Nay thị trường khó khăn kéo dài, từ tháng 10/2012, nhiều CTCK bắt đầu thu phí lưu ký chứng khoán định kỳ hàng tháng đối với các khách hàng mở tài khoản giao dịch chứng khoán theo biểu phí quy định của VSD. Đây là khoản thu định kỳ không nhỏ và gây không ít áp lực với các nhà đầu tư chứng khoán.
