Theo Bộ Tài chính, số thuế GTGT khấu trừ được xác định bằng 2% giá trị khối lượng hoàn thành công trình, hạng mục công trình XDCB đã được KBNN chấp nhận.
Cụ thể, với khấu trừ thuế GTGT, người nộp thuế có hoạt động xây dựng cơ bản được chủ đầu tư thanh toán cho khối lượng các công trình, hạng mục công trình XDCB bằng nguồn vốn NSNN, thanh toán từ nguồn NSNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại KBNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA), không kể có trụ sở chính hay không có trụ sở chính trên địa bàn tỉnh, thành phố hoặc quận, huyện nơi có hoạt động xây dựng công trình đều thuộc diện KBNN khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào NSNN.
Ngoài ra, không thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với các hợp đồng tư vấn, khảo sát, thiết kế, lập dự án, kiểm toán, bảo hiểm.
