Theo quy định tại Thông tư số 146/2007/TT-BTC ngày 6/12/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định 109 thì DN cổ phần hoá đang sử dụng các lô đất thuộc loại đất đô thị, nếu lựa chọn hình thức thuê đất thì phải xác định giá trị lợi thế địa lý của lô đất để tính vào giá trị DN, kể cả trường hợp đã nộp tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê đất hoặc đã nộp trước tiền thuê đất cho nhiều năm trước ngày 01/7/2004 (thời điểm Luật Đất đai có hiệu lực thi hành). Giá trị lợi thế vị trí địa lý để tính vào giá trị DN ở đây là phần chênh lệch giữa giá đất được xác định sát với giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế trên thị trường trong điều kiện bình thường so với giá do UBND cấp tỉnh quyết định và công bố vào ngày 01/01 hàng năm.
Việc xác định giá trị lợi thế này nhằm tính đúng, tính đủ giá trị DN và tránh tổn thất cho Nhà nước khi thực hiện cổ phần hoá DN. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện còn nhiều lúng túng và thậm chí nhiều trường hợp ách tắc không thực hiện được, làm ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ cổ phần hoá DN.
Đầu tiên phải nói đến tình trạng nhiều địa phương chưa xác định giá đất kịp thời và chính xác theo sự biến động của giá đất trên thị trường, nhiều nơi còn lúng túng trong hướng dẫn về xác định "giá chuyển nhượng thực tế", nên căn cứ để thực hiện không có; sở dĩ khó khăn như vậy vì mỗi mảnh đất gần như có một giá trị khác nhau do: vị trí đất khác nhau (chẳng hạn như: cũng trên một mặt phố, nhưng vị trí đầu phố, giữa phố và cuối phố), diện tích mặt bằng rộng hẹp khác nhau; mục đích sử dụng đất theo quy hoạch khác nhau ...
Thứ hai, theo quy định của khoản 12 Điều 1 Nghị định số 123/2007/NĐ-CP ngày 27/7/2007 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 188/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 về phương pháp xác định giá đất và khung giá các loại đất thì tại thời điểm tính giá đất vào giá trị DN cổ phần hóa chưa sát với giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế trên thị trường trong điều kiện bình thường thì UBND cấp tỉnh căn cứ vào giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế trên thị trường tại địa phương để quyết định mức giá cụ thể cho phù hợp. Cách tính giá trị lợi thế theo quy định này chưa hợp lý, vì trong thời kỳ thị trường bất động sản sốt nóng, giá thị trường cao hơn nhiều lần so với khung giá do UBND tỉnh quy định; vì vậy, nếu lấy chênh lệch giá thị trường và khung giá do UBND tỉnh quy định làm giá trị lợi thế thì sẽ gây khó khăn cho DN, nhà đầu tư không mặn mà đối với các đợt chào bán cổ phiếu lần đầu của những đơn vị đã được cộng phần chênh lệch vốn khá bất hợp lý vào phần tăng thêm của sở hữu nhà nước…
Thứ ba, việc xác định giá đất chuyển nhượng theo giá thị trường đã đẩy giá trị DN lên gấp nhiều lần, thậm chí hàng chục, hàng trăm lần đối với những lô đất nằm ở vị trí đắc địa đã làm ảnh hưởng đến cơ cấu vốn cổ phần lần đầu, ảnh hưởng tới kết quả kinh doanh, lợi tức cổ phần, vì DN trước và sau cổ phần hoá, trên mảnh đất đó vẫn kinh doanh ngành nghề như trước; do đó, lợi nhuận không thể tăng tương ứng với giá trị vốn nhà nước tăng thêm do tính giá trị đất vào DN. Ngoài ra, việc xác định giá trị lợi thế vào giá trị DN đã làm gia tăng khối lượng cổ phần phát hành, đặc biệt trong bối cảnh các nhà đầu tư đều đang gặp khó khăn về tài chính, nên nguy cơ không bán hết cổ phần là không tránh khỏi. Thực tế đã cho thấy, vừa qua không chỉ các đợt chào bán cổ phần lần đầu có số lượng lớn mà ngay cả tại những DNNN có số vốn điều lệ dưới 10 tỷ đồng, thực hiện đấu giá trong nội bộ DN hoặc bán cổ phần cho các đối tác có quan hệ, cũng không thể bán hết do giá trị lợi thế vị trí được xác định rất cao so với thực tế hoạt động kinh doanh cũng như lợi nhuận có được từ lợi thế địa lý đó.
Để tháo gỡ những khó khăn này và giúp đẩy nhanh tiến độ cổ phần hoá DN, Chính phủ cần sớm điều chỉnh cơ chế xác định giá trị lợi thế vị trí địa lý theo hướng sửa lại giá cho thuê đất, khi DN chuyển đổi mục đích sử dụng đất thì tính theo giá thị trường của mảnh đất đó, không tính vào giá trị vốn nhà nước để cổ phần hoá mà xác định phần chênh lệch này là tiền sử dụng đất phải trả tăng thêm của DN. Doanh nghiệp được lựa chọn các hình thức trả một lần hoặc hàng năm theo quy định.
Nếu điều chỉnh theo hướng trên sẽ đảm bảo hài hòa lợi ích của Nhà nước, DN và nhà đầu tư. Nhà nước sẽ vẫn đảm bảo thu đủ phần giá trị tăng thêm từ lợi thế vị trí lô đất của DN và không làm ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh của DN sau cổ phần hóa; đồng thời việc pha loãng phần vốn nhà nước cũng sẽ được giảm thiểu.