Lý do được Kiểm toán Nhà nước đưa ra là Dự án có quy mô vốn lớn, phức tạp về giải phóng mặt bằng, đòi hỏi nhiều nhân lực và thời gian, trong khi kế hoạch kiểm toán năm 2014 đã được lên kế hoạch từ tháng 6/2013.
Trước đó, Bộ Giao thông - Vận tải đã đề nghị kiểm toán Dự án ngay trong tháng 12/2013, nhằm chấn chỉnh việc tuân thủ các quy định quản lý đầu tư; xử lý kịp thời vướng mắc và ngăn chặn sai sót trọng yếu gây thiệt hại cho Nhà nước.
Dự án đường sắt đô thị tuyến Cát Linh - Hà Đông dài 13,6 km, tổng mức đầu tư 552 triệu USD, được khởi công từ tháng 10/2011, nhưng hiện mới đạt giá trị sản lượng khoảng 40%.
