“Từ khi thành lập đến nay, Tổng công ty luôn nhận được sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của Thủ tướng, các phó thủ tướng Chính phủ sự hỗ trợ kịp thời có hiệu quả của các bộ, ngành, địa phương liên quan, vì vậy trong giai đoạn dài, Vinalines đã phát triển tốt”, báo cáo nêu rõ.
Theo Chính phủ, giai đoạn trước 2009, tổng công ty phát triển tốt, còn sau đó đến nay, có một số hạn chế, yếu kém. Như nhiều dự án chậm tiến độ, công nợ lớn, số nợ lớn hơn nhiều so với vốn điều lệ. Cuối năm 2010, tỷ lệ nợ bằng 4,27 lần vốn điều lệ, hiệu quả kinh doanh giảm dần do tăng chi phí về lãi vay, chi phí quản lý và khối lượng lớn vốn đầu tư hiệu quả thấp. Từ 2011 bắt đầu thua lỗ, 4 tháng đầu năm 2012 vẫn tiếp tục thua lỗ, tình hình tài chính của Tổng công ty đang rất khó khăn.
Trong số các nguyên nhân chủ quan, Chính phủ nhìn nhận, công tác giám sát, hậu kiểm ở cấp bộ và tổng công ty trong thời gian vừa qua chưa được chú trọng, chưa hỗ trợ cho hoạt động điều hành và quản trị của toàn tổng công ty.
Đặc biệt, nội bộ mất đoàn kết, kéo dài và sai phạm, tiêu cực trong quản lý sản xuất kinh doanh. Lãnh đạo Vinalines không thực hiện đúng chỉ đạo của Thủ tướng và có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong việc đầu tư xây dựng nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía Nam, gây thiệt hại về kinh tế, một số cán bộ quản lý bị khởi tố, bắt tạm giam ảnh hưởng xấu đến uy tín, hình ảnh của Tổng công ty và doanh nghiệp nhà nước.
Sau khi Thanh tra Chính phủ phát hiện những sai phạm của Vinalines, Thủ tướng đã yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải báo cáo, làm rõ trách nhiệm về việc chậm cập nhật, trình Thủ tướng quyhoạch phát triển ngành công nghiệp tàu thủy Việt Nam đến 2020, định hướng đến năm 2030 và trách nhiệm trong việc theo dõi, giám sát, kiểm tra đầu tư ụ nổi của dự án nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía nam thuộc Tổng công ty.
Tuy nhiên, báo cáo đã không nêu trách nhiệm được làm rõ thế nào, dù đây là vấn đề đã được nhiều đại biểu gửi chất vấn ngay từ đầu kỳ họp. Cũng tại kỳ họp này, trả lời chất vấn bằng văn bản của đại biểu, Bộ trưởng Thăng cho biết, “trong thời gian qua, Bộ đã thực hiện nghiêm túc trách nhiệm của Bộ quản lý ngành đối với Vinalines".
