Theo kết luận điều tra, trong thời gian giữ chức vụ Phó chủ tịch UBND TP.HCM từ năm 2011 - 2016, ông Nguyễn Hữu Tín đã ban hành chủ trương, quyết định cho thuê đất, bán chỉ định nhà và khấu trừ tiền thuê đất đối với nhà đất số 15 Thi Sách trái quy định, gây thiệt hại ngân sách nhà nước hơn 6,7 tỷ đồng.
Liên quan vụ việc, theo Cơ quan Cảnh sát điều tra, ông Lê Hoàng Quân giữ chức vụ Chủ tịch UBND TP.HCM kiêm Trưởng ban Chỉ đạo 09.
Thực hiện quyết định 09/2007/QĐ-TTg, Ban chỉ đạo 09 TP.HCM đã tham mưu, trình UBND TPHCM ban hành công văn số 5309/UBND-TM phê duyệt phương án xử lý nhà đất của Công ty quản lý Kinh doanh nhà đợt 3, trong đó nhà đất số 15 Thi Sách được sắp xếp giao cho Công ty quản lý Kinh doanh nhà tiếp tục quản lý cho thuê theo quy hoạch.Công ty quản lý Kinh doanh nhà là đơn vị tiếp tục thuê để làm văn phòng, xưởng phim.
Khi chỉ đạo, ký các văn bản và quyết định chấp thuận cho Công ty cổ phần xây dựng Bắc Nam 79 được ký hợp đồng thuê đất, được khấu trừ tiền bồi thường tài sản, vật kiến trúc trên đất và tiền thuê đất không phải nộp đối với nhà đất số 15 Thi Sách, ông Nguyễn Hữu Tín đã không báo cáo xin ý kiến ông Lê Hoàng Quân; không giao Ban Chỉ đạo 09 tham mưu, đề xuất mà đã bút phê giao Sở TN-MT hướng dẫn thủ tục.
Tuy nhiên ông Lê Hoàng Quân và các thành viên Ban chỉ đạo 09 TP.HCM gồm bà Nguyễn Thị Hồng (nguyên Phó Chủ tịch UBND TP.HCM, Phó Ban chỉ đạo 09), bà Đào Thị Lan Hương (nguyên Giám đốc Sở Tài chính, Uỷ viên thường trực Ban Chỉ đạo 09) và ông Trần Nam Trang (nguyên Phó giám đốc Sở Tài chính, Thường trực tổ chuyên viên Ban Chỉ đạo 09) có nhận được các văn bản: Công văn 927 ngày 16/12/2014, công văn 198/UBND-ĐTMT do ông Nguyễn Hữu Tín ký, nội dung chấp thuận cho Công ty cổ phần xây dựng Bắc Nam 79 được ký hợp đồng thuê đất, được khấu trừ tiền thuê đất phải nộp theo quy định.
Việc nhận được các văn bản trên, theo cơ quan điều tra, không phải là báo cáo hay văn bản trao đổi thủ tục hành chính, do đó cơ quan cơ quan điều tra nhận thấy chưa đủ căn cứ để xem xét trách nhiệm hình sự đối với
Tuy vậy, cơ quan điều tra cũng cho rằng, cần kiến nghị UBND TP.HCM có hình thức xử lý nghiêm khắc đối với ông Lê Hoàng Quân và các cá nhân khác vì đã không có ý kiến gì khi nhận được văn bản quyết định do ông Nguyễn Hữu Tín ký cho Công ty cổ phần xây dựng Bắc Nam 79 khấu trừ tiền thuê đất đối với nhà đất số 15 Thi Sách, trái với quy định tại quyết định 09/2007/QĐ-TTg và Luật đất đai 2013.