Ngoài ra, phát hiện nhiều sai phạm trong việc thực hiện quy định về ưu đãi đầu tư, kê khai, nộp thuế, dẫn đến nộp thiếu thuế số tiền trên 100 tỷ đồng và 6,24 triệu USD; chưa thực hiện nộp tiền thu từ cổ phần hóa về quỹ hỗ trợ sắp xếp DN số tiền trên 672, 8 tỷ đồng; chi phí dành cho quảng cáo, khuyến mại, tiếp thị của các DN sữa vượt mức khống chế theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp với số tiền trên 386 tỷ đồng.
Đối với việc thanh tra theo chuyên đề tại 5 DN kinh doanh xăng dầu đầu mối, Thanh tra Bộ phát hiện, việc thực hiện đăng ký giá xăng dầu của các DN còn chưa đầy đủ; cả 5 DN đều hạch toán chưa đúng doanh thu, giá vốn, chi phí; có 4/5 DN kinh doanh lỗ… trích lập và sử dụng quỹ bình ổn giá xăng dầu không đúng số tiền trên 11,6 tỷ đồng; kiến nghị xử lý nộp vào NSNN đối với các DN kê khai không đúng số thuế phải nộp là 89,8 tỷ đồng.
