Mặc dù tại cả 3 nhà máy sản xuất ethanol (công suất mỗi nhà máy là 100 triệu lít/năm), PVN không đầu tư trực tiếp, nhưng số vốn mà các doanh nghiệp thuộc PVN đầu tư tại các dự án này không hề nhỏ.
Tại Dự án Nhà máy Sản xuất NLSH Phú Thọ, phần vốn đầu tư của các đơn vị thuộc PVN ban đầu là 49%, nhưng hiện giảm còn 39% sau khi chuyển nhượng 10% vốn cho SeABank và các đối tác khác. Các đơn vị thành viên của PVN cũng chỉ còn nắm giữ 29% vốn tại Dự án Nhà máy Sản xuất NLSH Bình Phước, so với tỷ lệ 51% hồi mới đầu thành lập. Trong khi đó, tại Nhà máy Sản xuất NLSH Dung Quất, các thành viên PVN chiếm 100% vốn đầu tư.
Đã trải qua 5 năm kể từ ngày thành lập Ban Chỉ đạo triển khai các dự án NLSH do Chủ tịch PVN làm Trưởng ban, song đến nay, các dự án này hoặc còn đang dang dở đầu tư, hoặc chưa thể phát huy như ý muốn.
Ở Dự án NLSH Phú Thọ, tiến độ xây dựng tổng thể đến nay mới đạt 78%. Sự chậm trễ này được lý giải là do Tổng thầu EPC là Tổng công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí (PVC) chưa có kinh nghiệm quản lý thi công dự án tương tự và gặp khó khăn về tài chính, dẫn đến tạm dừng thi công. Thêm vào đó, các cổ đông góp vốn cũng không thống nhất được giải pháp tháo gỡ khó khăn, trong khi tỷ lệ sở hữu của Tổng công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) - thành viên của PVN chỉ còn 39%, nên không quyết định được các vấn đề liên quan.
Giải pháp được PVN đưa ra đối với Dự án NLSH Phú Thọ là, PV Oil sẽ đàm phán với các cổ đông ngoài ngành để mua lại hoặc bán cổ phần tại đây nhằm tìm lối thoát.
Trong khi đó, Dự án NLSH Bình Phước dù đã được bàn giao và đưa vào vận hành thương mại từ quý II/2013, nhưng do không tiêu thụ được sản phẩm trong nước, nên Nhà máy đã dừng sản xuất.
Các cổ đông góp vốn tại dự án này là Itochu (Nhật Bản) và Công ty Licogi 16 không kỳ vọng nhiều vào tương lai Dự án, nên đã kiên quyết rút vốn và đề nghị PVN/PV Oil mua lại phần vốn góp. Tuy nhiên, ngay chính PV Oil cũng khó khăn về vốn tại các dự án khác, nên chưa thể có quyết định cuối cùng.
Theo tính toán của PVN, việc Nhà máy NLSH Bình Phước ngừng hoạt động sẽ mang lại khoản lỗ khoảng 270 tỷ đồng/năm, trong đó có 120 tỷ đồng lãi vay, 90 tỷ đồng khấu hao và 60 tỷ đồng chi phí duy trì nhà máy.
Khả quan hơn cả là Nhà máy NLSH Dung Quất. Dù chủ đầu tư đã tiếp nhận bàn giao để quản lý vận hành, nhưng hiện tại, Tổng thầu là Tổng công ty PTSC (cũng thuộc PVN) vẫn đang khắc phục một số tồn tại.
Điểm nổi bật nhất của dự án này là đã được chuyển giao về Công ty TNHH một thành viên Lọc hoá dầu Bình Sơn - nơi đang quản lý và vận hành Nhà máy Lọc dầu Dung Quất. Với số lãi hàng năm khá lớn của Nhà máy Lọc dầu Dung Quất, nên công trình này dù có khó khăn, thì vẫn có thể yên tâm trong vấn đề tài chính để duy trì sản xuất ở mức thấp.
Năm 2013, Nhà máy NLSH Dung Quất sản xuất được hơn 27.000 m3 cồn, nhưng chỉ tiêu thụ trong nước được khoảng 10%; còn lại xuất khẩu, với hiệu quả rất thấp.
Trước đó, báo cáo khả thi dự báo rằng, giá nguyên liệu trung bình cả đời Dự án là khoảng 1.800 đồng/kg và giá thành sản phẩm là 10.000 đồng/lít. Tuy nhiên, năm 2012 - 2013, giá sắn lên tới 5.000 đồng/kg, trong khi giá bán ethanol chỉ đạt 13.000 đồng/lít, khiến các nhà máy phải hoạt động cầm chừng hoặc ngừng sản xuất, bởi chi phí nguyên liệu sẵn có chiếm tới 60% giá thành ethanol. Đó là chưa kể, việc thu mua sắn cũng đang phải cạnh tranh với các ngành sản xuất thức ăn chăn nuôi, chế biến tinh bột.
Bên cạnh những khó khăn khách quan trong tiêu thụ và cân đối nguyên liệu đầu vào, thì những yếu tố chủ quan cũng không thể bỏ qua. Theo thừa nhận của PVN, việc lựa chọn nhà thầu theo hình thức chỉ định thầu đã góp phần nhằm phát huy nội lực, song do nhà thầu thiếu kinh nghiệm, không kiểm soát được chi phí, nên không thực hiện được đúng bản chất hợp đồng EPC.
Ngoài ra, do lĩnh vực sản xuất ethanol còn mới, các tổng thầu EPC chưa có kinh nghiệm triển khai dự án, nên trong quá trình thiết kế, chế tạo, một số hạng mục tính toán không chính xác, dẫn đến phải điều chỉnh, làm tăng tổng mức đầu tư và kéo dài thời gian thực hiện.
Trên thực tế, PVN đã đồng ý cho các tổng thầu xây dựng lại các gói thầu EPC trên cơ sở khối lượng thực tế để xem xét hỗ trợ nhà thầu hoàn thành dự án.
