Ngày 13/11/2005, FPT chính thức thành lập Công ty FPT Nhật Bản, hoạt động trong lĩnh vực dịch vụ phần mềm (IT Outsourcing). Đây là công ty công nghệ thông tin 100% vốn Việt Nam đầu tiên được mở tại thị trường này.
Sau 10 năm phát triển, FPT Nhật Bản đã trở thành doanh nghiệp phần mềm Việt Nam lớn nhất tại Nhật Bản. Nhật Bản cũng trở thành thị trường quan trọng số 1 trong lĩnh vực xuất khẩu phần mềm của FPT, với doanh thu luôn chiếm khoảng 50% tổng doanh thu từ thị trường nước ngoài của Tập đoàn.
Từ con số 5,4 triệu USD vào năm 2005, doanh thu của FPT Nhật Bản năm 2014 đã đạt gần 62 triệu USD (tương đương 1.318 tỷ đồng), tăng gần 12 lần; quy mô nhân sự từ 3 người đã tăng lên trên 400 người (tính đến hết tháng 7/2015).
Trong giai đoạn 2005 - 2014, doanh thu từ thị trường Nhật Bản của FPT tăng trưởng trung bình 32%/năm. Trong 9 tháng đầu năm 2015, doanh thu của Tập đoàn từ thị trường Nhật đạt 1.333 tỷ đồng, tương đương doanh thu từ thị trường này trong cả năm 2014, tăng trưởng 44% so với cùng kỳ. Dự kiến, cả năm 2015, Công ty đạt khoảng 90 triệu USD, tăng trưởng 35% so với cùng kỳ.