Theo các quy định về xác định giá thị trường tại Việt Nam, đối tượng nộp thuế có thực hiện các giao dịch liên kết phải tuân thủ các quy định: kê khai và nộp thông tin về các giao dịch liên kết hàng năm theo mẫu quy định (Phụ lục 1-GCN/CC, gọi tắt là Mẫu 01) và lập, lưu giữ hồ sơ xác định giá thị trường để chứng minh các giao dịch liên kết tuân thủ theo nguyên tắc giá thị trường. Hồ sơ phải được lập tại thời điểm diễn ra giao dịch và được cập nhật trong quá trình diễn ra giao dịch. Theo quy định, khi cơ quan thuế yêu cầu bằng văn bản, doanh nghiệp phải cung cấp hồ sơ này trong thời hạn 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu từ cơ quan thuế.
Trong quá trình thanh tra về giao dịch liên kết, Khoản 2, Phần C, Thông tư 117 và Khoản 2, Điều 9, Thông tư 66 quy định cơ quan thuế có quyền ấn định thu nhập chịu thuế đối với doanh nghiệp trong các trường hợp:
Thứ nhất, doanh nghiệp dựa vào các tài liệu, dữ liệu và chứng từ không hợp pháp, không hợp lệ, hoặc không nêu rõ nguồn gốc xuất xứ để xác định mức giá, tỷ suất lợi nhuận gộp, hoặc các tỷ suất sinh lời áp dụng cho giao dịch liên kết - tức là nguồn thông tin “không đáng tin cậy”.
Thứ hai, doanh nghiệp tạo ra giao dịch độc lập giả mạo, hoặc sắp đặt lại giao dịch liên kết thành giao dịch độc lập để lấy giao dịch này làm giao dịch độc lập được chọn để so sánh.
Thứ ba, doanh nghiệp không kê khai, hoặc kê khai không đầy đủ Phụ lục 1-GCN/CC đối với giao dịch liên kết phát sinh trong năm quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; không thực hiện đúng yêu cầu về thời hạn cung cấp các thông tin, dữ liệu và tài liệu để chứng minh cho việc kê khai, hạch toán giá thị trường đối với giao dịch liên kết.
Thứ tư, cơ quan thuế nghi ngờ doanh nghiệp không áp dụng hoặc cố tình áp dụng không đúng các quy định tại Thông tư và doanh nghiệp không chứng minh được trong thời hạn tối đa là 90 ngày kể từ khi nhận được thông báo của cơ quan thuế.
Dựa trên cơ sở pháp lý này, việc ấn định thuế chỉ được áp dụng đối với các doanh nghiệp không nộp Mẫu 01, hoặc không xuất trình hồ sơ xác định giá thị trường khi cơ quan thuế yêu cầu.
Còn đối với các doanh nghiệp đã nộp Mẫu 01 và lập hồ sơ xác định giá thị trường theo đúng quy định, có thể hiểu rằng, các doanh nghiệp này sẽ không thuộc trường hợp bị ấn định thuế, bởi cơ quan thuế sẽ phải kiểm tra, đánh giá và kết luận xem các giao dịch liên kết được trình bày trong hồ sơ xác định giá thị trường của doanh nghiệp có tuân thủ theo nguyên tắc giá thị trường hay không. Cơ quan thuế vẫn có thể điều chỉnh (chứ không ấn định) giá chuyển nhượng trong giao dịch liên kết của doanh nghiệp trong trường hợp cơ quan thuế không chấp nhận biên độ giá thị trường, mà doanh nghiệp tự xác định về mặt kỹ thuật (ví dụ, việc điều chỉnh các khác biệt trọng yếu trong những tiêu thức so sánh).
Trên thực tế, khi kết thúc việc thanh tra, cơ quan thuế vẫn ra quyết định ấn định thu nhập chịu thuế đối với các doanh nghiệp đã nộp đầy đủ Mẫu 01 và hồ sơ xác định giá thị trường vì một vài lý do gây nhiều tranh cãi nếu đối chiếu với quy định về việc xác định giá thị trường.
Một trong những lý do phổ biến nhất là doanh nghiệp sử dụng “dữ liệu không đáng tin cậy” trong hồ sơ xác định giá thị trường. Để hỗ trợ cho lý do này, cơ quan thuế nhận xét, các công ty có chức năng hoạt động tương đương được lựa chọn để so sánh trong báo cáo xác định giá thị trường là những doanh nghiệp nước ngoài hoạt động sản xuất, kinh doanh ở nhiều quốc gia khác nhau và do đó có những khác biệt trọng yếu có thể ảnh hưởng đến tỷ suất lợi nhuận, như khác biệt về chi phí nhân công, khác biệt về chi phí quản lý, khác biệt về điều kiện giao hàng, khác biệt về các điều kiện kinh tế…
Khoản 1, Điều IV, Phần B, Thông tư 117 và Khoản 1, Điều 7, Thông tư 66 về “Lựa chọn dữ liệu, chứng từ” quy định:
“1.1. Các dữ liệu, chứng từ và tài liệu được sử dụng làm căn cứ khi phân tích so sánh phải nêu rõ nguồn gốc xuất xứ để cơ quan thuế có thể kiểm tra, xác minh. Doanh nghiệp có thể sử dụng các thông tin, dữ liệu từ các nguồn sau đây:
a) Thông tin, dữ liệu do các cơ quan, ban, ngành của Nhà nước, các viện nghiên cứu, các hiệp hội và các tổ chức chuyên ngành được Nhà nước công nhận và chịu trách nhiệm công bố công khai hoặc cung cấp theo yêu cầu;
b) Thông tin, dữ liệu do các tổ chức, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực dịch vụ hành nghề độc lập được cấp phép hoạt động xác nhận hoặc công bố công khai (ví dụ: cơ quan kiểm toán độc lập, cơ quan đăng ký, đăng kiểm chất lượng, tổ chức phân loại, đánh giá uy tín các doanh nghiệp);
c) Báo cáo tài chính, báo cáo đầu tư thường niên hoặc định kỳ của các công ty niêm yết trên thị trường chứng khoán được công bố công khai theo các quy định và điều lệ hoạt động của thị trường chứng khoán;
a) Các dữ liệu, chứng từ và tài liệu về giao dịch kinh doanh phục vụ mục đích kê khai nộp thuế do doanh nghiệp cung cấp và chịu trách nhiệm.
Các dữ liệu, chứng từ và tài liệu có xuất xứ từ những nguồn cung cấp không chính thức hoặc không rõ xuất xứ chỉ có tính chất tham khảo”.
Các quy định trên cho thấy quy định của pháp luật Việt Nam về việc xác định giá thị trường đã đưa ra các hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp mà dữ liệu được xem là “đáng tin cậy”. Cụ thể:
Theo tiết a, thông tin, dữ liệu phải do các cơ quan, viện nghiên cứu, hiệp hội, tổ chức chuyên ngành được Nhà nước công nhận và chịu trách nhiệm công bố công khai hoặc cung cấp theo yêu cầu. Hiện chưa có nguồn dữ liệu nào về các giao dịch độc lập, hoặc dữ liệu tài chính đầy đủ của các công ty Việt Nam được công bố công khai bởi các cơ quan, ban, ngành hay viện nghiên cứu, hiệp hội, tổ chức chuyên ngành được Nhà nước công nhận.
Theo tiết b, thông tin và dữ liệu có thể được cung cấp bởi các công ty cung cấp cơ sở dữ liệu thương mại, trong đó có các dữ liệu tài chính của doanh nghiệp (Thompson Reuters, Osiris của Bureau van Dijk, OneSource…). Đây là nguồn dữ liệu độc lập được hầu hết các doanh nghiệp sử dụng trong báo cáo xác định giá thị trường khu vực châu Á - Thái Bình Dương để tuân thủ yêu cầu lập và cập nhật hồ sơ xác định giá thi trường. Như vậy, dữ liệu từ các nguồn này thỏa mãn yêu cầu về độ “tin cậy” theo quy định.
Theo tiết c, doanh nghiệp có thể sử dụng các báo cáo tài chính, báo cáo thường niên của các công ty được niêm yết. Các dữ liệu này thường được cung cấp tại các trang thông tin của các công ty niêm yết và các sở giao dịch chứng khoán tại Việt Nam và các nước trong khu vực. Đây là những dữ liệu được hầu hết các doanh nghiệp sử dụng trong báo cáo xác định giá thị trường. Như vậy, dữ liệu từ các nguồn này cũng thỏa mãn yêu cầu về độ “tin cậy” theo quy định.
Theo tiết d, doanh nghiệp có thể sử dụng dữ liệu nội bộ của chính doanh nghiệp, tức là các giao dịch của chính doanh nghiệp với một, hoặc các bên độc lập. Điều này cũng được nêu tại Điểm 1.5, Khoản 1, Điều I, Phần B, Thông tư 117 và Điểm 1.5, Điều 4, Phần B, Thông tư 66 về nguyên tắc phân tích so sánh: “Khi lựa chọn giao dịch độc lập để so sánh, doanh nghiệp ưu tiên lựa chọn giao dịch độc lập của chính doanh nghiệp với điều kiện giao dịch độc lập này không được tạo ra, hoặc sắp đặt lại từ giao dịch liên kết”.
Tóm lại, một cuộc thanh tra về giá chuyển nhượng thường phải có một trong 3 kết cục như sau: 1) doanh nghiệp bị ấn định thu nhập chịu thuế vì không tuân thủ các quy định trong Thông tư 117 và Thông tư 66; 2) doanh nghiệp bị điều chỉnh vì cơ quan thuế không đồng ý với doanh nghiệp về những vấn đề kỹ thuật trong quá trình áp dụng quy định về giá thị trường; hoặc 3) doanh nghiệp không bị ấn định hoặc điều chỉnh. Kết quả của cuộc thanh tra phải phù hợp với tình hình tuân thủ quy định về việc xác định giá thị trường và hoàn cảnh cụ thể của doanh nghiệp, chứ không phải dựa vào tỷ suất lợi nhuận mà cơ quan thuế đã áp đặt từ trước cho doanh nghiệp.