Sau vụ án xảy ra tại Ngân hàng TMCP Đông Á, Phan Văn Anh Vũ tiếp tục bị truy tố trong vụ án Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Cùng bị truy tố với bị can Phan Văn Anh Vũ có hai cựu Thứ trưởng Bộ Công an Bùi Văn Thành, Trần Việt Tân và Nguyễn Hữu Bách, nguyên Phó cục trưởng Cục B61, Bộ Công an.
Cáo trạng xác định Phan Văn Anh Vũ vào biên chế công an từ năm 2009, là nhân viên tình báo của Tổng cục V, Bộ Công an. Theo nguyên tắc, mọi hoạt động nghiệp vụ của Phan Văn Anh Vũ chỉ do Nguyễn Hữu Bách (khi đó là Trưởng phòng), Phan Hữu Tuấn (Cục trưởng), Trần Việt Tân (Tổng cục trưởng Tổng cục V) nắm và trực tiếp chỉ đạo.
Để tạo điều kiện cho Phan Văn Anh Vũ hoạt động, Tổng cục V đã sử dụng 2 pháp nhân làm tổ chức bình phong do Vũ làm Chủ tịch HĐQT và người đại diện theo pháp luật. Đó là CTCP Xây dựng Bắc Nam 79, vốn điều lệ 100 tỷ đồng và CTCP Nova Bắc Nam 79, vốn điều lệ 6 tỷ đồng.
Tổng cục V không góp vốn, mọi hoạt động đều do bị can Vũ trực tiếp điều hành quyết định.
Quá trình hoạt động, Phan Văn Anh Vũ đã lợi dụng danh nghĩa tổ chức bình phong đề nghị các Bộ, ngành và chính quyền địa phương cho thuê đất, chuyển quyền sử dụng đất và tài sản trên đất của các dự án nhà đất công sản có diện tích hàng nghìn m2 ở vị trí đắc địa tại Đà Nẵng, TP Hồ Chí Minh... trái quy định pháp luật.
Cơ quan điều tra xác định có 7 cụm nhà đất ở TP Đà Nẵng và TP Hồ Chí Minh đã được 2 công ty nói trên thâu tóm, bao gồm 6.723 m2 nhà và 26.759 m2 đất, với tổng trị giá 2.517 tỷ đồng. Ví dụ như số 319 Lê Duẩn (TP Đà Nẵng); số 16 Bạch Đằng (TP Đà Nẵng), số 15 Thi Sách (TP Hồ Chí Minh); số 129 Pasteur (TP Hồ Chí Minh)...
Phan Văn Anh Vũ đã lợi dụng công ty bình phong để được thuê hoặc chuyển nhượng nhà đất không qua đấu giá trái quy định Nhà nước. Ngoài ra các công ty này còn xin giảm giá, giảm hệ số sinh lợi và nhiều ưu đãi khác...
Sau khi được giao quyền sử dụng đất và tài sản trên đất, Phan Văn Anh Vũ đã tiến hành chuyển quyền sử dụng đất từ công ty sang cho cá nhân mình hoặc liên kết, chuyển nhượng cho cá nhân, tổ chức khác nhằm thu lợi bất chính. Thực chất không có bất cứ hoạt động nghiệp vụ nào phục vụ cho ngành, gây thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước.
Bản cáo trạng xác định tổng số tiền thiệt hại là 1.159 tỷ đồng.
Bị can Phan Hữu Tuấn, Nguyễn Hữu Bách đã trực tiếp tham mưu hoặc ký trình lãnh đạo Bộ Công an ký ban hành các văn bản gửi tới bộ, ngành, chính quyền TP Đà Nẵng, TP Hồ CHí Minh xin hỗ trợ, tạo điều kiện cho hai công ty nói trên thuê đất, chuyển quyền sử dụng đất, giúp sức tích cực cho bị can Vũ.
Cơ quan công tố xác định để xảy ra tội phạm là do sự thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý cán bộ, quản lý nghiệp vụ, quản lý tài sản công của bị can Bùi Văn Thành, Trần Việt Tân. Một số lãnh đạo TP Đà Nẵng, TP Hồ Chí Minh cũng buông lỏng quản lý, vi phạm quy định về nhà đất công sản.
Được biết, liên quan đến việc chuyển nhượng nhà đất dự án trong vụ việc này, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với nguyên Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng và 14 cá nhân liên quan.
Nguyên Phó Chủ tịch UBND TP Hồ Chí Minh và 4 cá nhân khác cũng bị khởi tố điều tra vì hành vi vi phạm quy định quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí liên quan đến sai phạm tại dự án 15 Thi Sách (quận 1, TP Hồ Chí Minh).