Quyết định khởi tố trên được căn cứ theo đơn tố giác của một số CB-CNV tại Tổng công ty CP Bia-Rượu-Nước giải khát Sài Gòn (Sabeco), các kết luận thanh tra của Bộ Tài chính, Bộ Công thương, Thanh tra Chính phủ; tài liệu xác minh, thu thập của Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an thể hiện từ năm 2005 - 2010, một số cán bộ của Sabeco biết việc mua malt trong nước không có các khoản chi phí khác như mua của nhà cung cấp nước ngoài, nhưng khi thương thảo, ký kết hợp đồng vẫn chi các khoản chi phí trái với quy định này cho công ty CP Đường Man và công ty CP Thanh Tùng, gây thiệt hại nghiêm trọng tài sản của Nhà nước.
Ngay sau khi công bố quyết định khởi tố vụ án, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ký lệnh triệu tập một số cán bộ lãnh đạo của Sabeco để làm rõ một số vấn đề có liên quan đến vụ án.
