Vụ việc bắt đầu từ việc Cục Hải quan Cần Thơ, sau khi kiểm tra sau thông quan, kiểm tra thuế tại Công ty Philip Morris (quận Cái Răng, TP. Cần Thơ), đã kết luận, doanh nghiệp chưa kê khai khoản phí bản quyền vào trị giá tính thuế đối với hàng hóa nhập khẩu theo quy định của Thông tư 205/2010/TT-BTC. Vì vậy, Cục trưởng Cục Hải quan TP. Cần Thơ đã ban hành Quyết định 219/QĐ-HQCT ấn định thuế đối với hàng hóa nhập khẩu của Công ty, với tổng số tiền 4,95 tỷ đồng. Philip Morris còn bị xử phạt vi phạm hành chính với hành vi khai sai về trị giá tính thuế với hàng hóa nhập khẩu, dẫn tới thiếu số thuế phải nộp.
Sau khi chấp hành nộp thuế và tiền phạt vào ngân sách nhà nước theo đúng thời hạn quy định, công ty này đã có đơn khiếu nại, đề nghị xem xét lại việc xử lý vi phạm hành chính này. Tuy nhiên, cả hai lần khiếu nại của Philip Morris đều không có kết quả gì.
